如何在热图中添加行标签（注释）答案

【问题标题】：how to add row labels (annotations) in Heatmap如何在热图中添加行标签（注释）
【发布时间】：2017-09-19 22:02:00
【问题描述】：

我有以下脚本用于在 Rstudio 中使用 Heatmap 创建热图。一切看起来都不错，颜色、树状图大小和位置、字体大小、列注释（标签），但我似乎无法添加行标签。

我的数据文件是制表符分隔的文本文件，有一个标题行（热图中的列名），第一列有示例名称（我希望这些在热图中显示为行标签）

这是我的脚本：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ComplexHeatmap")
library(ComplexHeatmap)
filename <- "Data.txt"

my_data <- read.table(filename, sep ="\t", quote = "", stringsAsFactors =`FALSE,header = TRUE)`

# Make the heatmap data into a matrix
# [all rows, columns 2-13]
# Leave out 1st column (sample names) since they don't not belong in the heatmap

my_matrix <- as.matrix(my_data[ ,c(2:13)]) 

# Cluster by rows only, not columns
# Increase dendogram width
# Change font size to 0.8

Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
        column_names_gp = gpar(cex=0.8),
        row_hclust_width = unit(3, "cm"))

一切看起来都很棒，但我的热图上没有行标签（只有列标签）。

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

抱歉，这有点晚了，但您可以切换矩阵上的行名吗：

rownames(my_matrix) <- my_matrix[,1]

然后引入 show_row_names 参数：

Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
                column_names_gp = gpar(cex=0.8),
                row_hclust_width = unit(3, "cm")
                show_row_names = TRUE)

或者您也可以添加行标签作为注释：

ht  <- Heatmap(my_matrix, cluster_columns = FALSE, 
                column_names_gp = gpar(cex=0.8),  
                row_hclust_width = unit(3, "cm"))

ha_row <- rowAnnotation(names = row_anno_text(x = paste( my_matrix[,1]), just = "left", gp = gpar(fontsize = 11) ), show_annotation_name = FALSE)

draw(ht + ha_row)

【讨论】：