如何在R中重复执行一个功能多次答案

【问题标题】：How to repeat performing a function in R multiple times如何在R中重复执行一个功能多次
【发布时间】：2011-06-13 19:33:44
【问题描述】：

我有一个看起来像这样的数据框

DF：

V1  V2          V3  V4  V5  V6  V7  V8      
0   ss66369915  0   0   G   A   A   A
0   ss66112992  0   0   A   A   A   A
0   ss66369329  0   0   A   A   A   A
0   ss66368644  0   0   A   A   A   A
0   ss66368284  0   0   A   A   G   A
0   ss66126380  0   0   A   G   A   G
0   ss66407282  0   0   A   A   A   A
0   ss66405035  0   0   A   A   A   A
0   ss66405148  0   0   G   G   A   G
0   ss66405271  0   0   G   G   G   G

V6 到 V9 列中的数据是双等位基因型，所以我想将每两列合并为一列。

例如，它看起来像：

V1  V2          V3  V4 V5_V6 V7 V8     
0   ss66369915  0   0   GA  A   A
0   ss66112992  0   0   AA  A   A
0   ss66369329  0   0   AA  A   A
0   ss66368644  0   0   AA  A   A
0   ss66368284  0   0   AA  G   A
0   ss66126380  0   0   AG  A   G
0   ss66407282  0   0   AA  A   A
0   ss66405035  0   0   AA  A   A
0   ss66405148  0   0   GG  A   G
0   ss66405271  0   0   GG  G   G

我能够做到这一点：

DF$V5_V6=paste(DF$V5, DF$V6, sep="")

or

within(DF, V5_V6 <- paste(V5, V6, sep=''))

但是我的实际数据框由 4776 行组成，我必须从第 5 列到第 4776 列每两列合并一次。

我想知道如何在不手动操作的情况下实现这一目标。我尝试使用 for 循环但没有成功。我对使用 R 很陌生。

谢谢！

【问题讨论】：

标签： r merge iteration

【解决方案1】：

也许您可以显示您尝试过的 for 循环？

这是一种使用循环的方法，如果我理解你想要的，应该做你想要的。具体来说 - 这个 for 循环会将第 5 和 6、7 和 8、9 和 10 等列的值粘贴在一起。我们使用names() 函数提取相关的列名并将它们粘贴在一起。我们使用[ 来索引创建的对象newdat。

#read in data
txt <- "V1  V2          V3  V4  V5  V6  V7  V8      
0   ss66369915  0   0   G   A   A   A
0   ss66112992  0   0   A   A   A   A
0   ss66369329  0   0   A   A   A   A
0   ss66368644  0   0   A   A   A   A
0   ss66368284  0   0   A   A   G   A
0   ss66126380  0   0   A   G   A   G
0   ss66407282  0   0   A   A   A   A
0   ss66405035  0   0   A   A   A   A
0   ss66405148  0   0   G   G   A   G
0   ss66405271  0   0   G   G   G   G"

dat <- read.table(textConnection(txt), header = TRUE)

#Create a new object so as to not interfere with the original
newdat <- dat[, 1:4]

for (colInd in seq(5, (ncol(dat) - 1), by = 2)) {
  colNames <- paste(names(dat)[colInd], names(dat)[colInd + 1], sep = "_")
  newdat[, colNames] <- paste(dat[, colInd], dat[, colInd + 1], sep = "")
}

结果：

> newdat
   V1         V2 V3 V4 V5_V6 V7_V8
1   0 ss66369915  0  0    GA    AA
2   0 ss66112992  0  0    AA    AA
3   0 ss66369329  0  0    AA    AA
4   0 ss66368644  0  0    AA    AA
5   0 ss66368284  0  0    AA    GA
6   0 ss66126380  0  0    AG    AG
7   0 ss66407282  0  0    AA    AA
8   0 ss66405035  0  0    AA    AA
9   0 ss66405148  0  0    GG    AG
10  0 ss66405271  0  0    GG    GG

【讨论】：

这看起来很棒！谢谢你解释得这么好！这正是我想要的。我马上试试，然后回复你！
效果很好！！太感谢了！我正在尝试的循环与您所做的差不多，但我绝对没有您说的那么优雅。

【解决方案2】：

你也可以这样做：

library(stringr)
newdat$V5V6 <-  apply(dat[,5:6], 1,  str_c, collapse="")
newdat$V7V8 <-  apply(dat[,7:8], 1,  str_c, collapse="")

【讨论】：

如果您有 100 列要创建，您将如何概括这一点？我认为这就是 for 循环类型结构会派上用场的地方。