SPARQL 错误尝试使用使用的变量附加过滤器答案

【问题标题】：SPARQL error attempt to attach a filter with used variableSPARQL 错误尝试使用使用的变量附加过滤器
【发布时间】：2018-08-24 14:43:34
【问题描述】：

我正在尝试使用此查询同时提取有关 2 个基因的信息：

BASE <http://www.southgreen.fr/agrold/>
PREFIX rdf:<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX vocab:<vocabulary/>

SELECT DISTINCT ?gene ?gene_lbl ?pathway 
WHERE{
  VALUES ?gene {<http://identifiers.org/ensembl.plant/BGIOSGA000040>
                <http://identifiers.org/ensembl.plant/Sb01g003700.1>}
  {
    GRAPH ?graph1{
          OPTIONAL{?gene rdfs:label ?gene_lbl.}
    }
  }
  UNION
  {
    GRAPH ?graph2{
          OPTIONAL{?gene vocab:is_agent_in ?pathway.}
    }
  }
}

但它给了我以下错误：

Virtuoso 37000 错误 SP031：SPARQL 编译器：内部错误：sparp_gp_attach_filter_cbk()：尝试使用使用的变量附加过滤器

当我只使用一个基因运行它或者当我删除OPTIONAL 关键字时它可以正常工作，有人可以向我解释这种行为背后的原因吗？

端点 Virtuoso 版本：07.10.3211

编辑：

部分复杂性是由于这只是一个更大查询的示例。

@TallTed，谢谢你的回答，当我应用你提出的方法来提取更多信息时，我没有得到想要的结果。例如in this example 基因OB12G15100 编码一种蛋白质，但它不会出现在结果中，除非I comment the OPTIONAL of gene_lbl，据我所知，因为gene_lbl 是可选的，它可以被忽略，因此，显示其余查询的结果，但它没有这样做，我不知道为什么。

请原谅我缺乏知识。

【问题讨论】：

请注意，问题编辑不会导致警报。直到现在我才知道你对你的问题的改变，当我偶然注意到它时。您所描述的奇怪结果的原因似乎是旧版本 Virtuoso 中的错误（仍在 AgroLD 端点上使用），该错误已在更新的版本中得到解决，已建议更新。

标签： sparql virtuoso

【解决方案1】：

我相信应该鼓励您的目标端点（现在为 running a 3 year old version）升级到 current Virtuoso Open Source Edition, 07.20.3229 a/k/a 7.2.5.1。请注意，your original query 和 my revision 在 LOD 云缓存上执行时都没有错误（在 AgroLD 中缺少一些数据，因此这些数据无法提供您想要的结果）。

也就是说，我认为您的原始查询过于复杂。注意this revision gets results from AgroLD with no problem --

BASE <http://www.southgreen.fr/agrold/>
PREFIX rdf:<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX vocab:<vocabulary/>

SELECT DISTINCT ?gene ?gene_lbl ?pathway 
WHERE
  {
    VALUES ?gene { <http://identifiers.org/ensembl.plant/BGIOSGA000040> 
                   <http://identifiers.org/ensembl.plant/Sb01g003700.1> }
    OPTIONAL{ ?gene  rdfs:label  ?gene_lbl }
    OPTIONAL{ ?gene  vocab:is_agent_in  ?pathway }
}

【讨论】：