R，foreach 中的错误“找不到函数”，timeOut答案

【问题标题】：R, error 'could not find function' in foreach with timeOutR，foreach 中的错误“找不到函数”，timeOut
【发布时间】：2018-02-07 09:02:17
【问题描述】：

我想在foreach 中插入一个这样的超时控制：

#Parallel function
runnable_X<-function(ID) {
  require(R.utils)
  Sys.sleep(ID)
  return(ID)
}

#foreach function with timeout
foreach_timeOut<-function() {
  tryCatch({
    require(R.utils)
    withTimeout({

      out_list<-foreach(ID=c(1:20),.options.multicore=list(preschedule=FALSE)) %dopar% runnable_X(ID)

    },
    timeout=5); ### Cumulative Timeout for entire process
  }, TimeoutException=function(ex) {
    return("Time Out!")
  })
} 


library(doParallel)
require(R.utils)

#Parallel registration
registerDoParallel()

#NUmber of cores
options(cores=5)

foreach_timeOut()

我有这个错误：

Error in runnable_X(ID) : 
  task 1 failed - "could not find function "runnable_X""

如果我在 foreach_timeout 中声明 runnable_X 函数，这不会发生，但我不能这样做。

【问题讨论】：

标签： r function foreach timeout

【解决方案1】：

如果使用内置函数，则必须将它们添加到集群中：

N_CORES <- 5   
cl <- makeCluster(N_CORES, outfile = "")
registerDoParallel(cl)
clusterEvalQ( cl, {

  runnable_X <- function() { stuff }

})

【讨论】：

我使用的是registerDoParallel自动创建的集群，我没有使用makeCluster
我明白了，尽管您可以通过添加行来创建集群来解决您的问题，并且它不会对代码产生任何影响
这只是一个“玩具代码”，出于其他原因，我不想创建集群。如果我在一个临时包中有这个函数，这个函数将在 foreach 中可见？
如果这个函数是洞察一个包，你应该输入：foreach(x, .packages = c("package_adhoc")) %dopar%

【解决方案2】：

感谢@karen 的帮助 (+1)，以防我们有集群，但我发现这个解决方案更适合我的情况。

#Parallel function
runnable_X<-function(ID) {
  require(R.utils)
  Sys.sleep(ID)
  return(ID)
}

我将在我的函数中添加 foreach export 命令

#foreach function with timeout
foreach_timeOut<-function() {
  tryCatch({
    require(R.utils)
    withTimeout({

      out_list<-foreach(ID=c(1:20),
                        .options.multicore=list(preschedule=FALSE),
                        .export = c("runnable_X")
                        ) %dopar% runnable_X(ID)

    },
    timeout=5); ### Cumulative Timeout for entire process
  }, TimeoutException=function(ex) {
    return("Time Out!")
  })
} 


library(doParallel)
require(R.utils)

#Parallel registration
registerDoParallel()

#NUmber of cores
options(cores=5)

foreach_timeOut()
[1] "Time Out!"

其他topic相关。

【讨论】：