如何使用附加注释自动保存到文件名？

Question

我正在从文件中提取数据，我想将这些工作（丑陋的）命令行应用于给定文件夹中的所有 txt 文件。因此，我还需要在输出文件名中附加一个字符串，以避免在循环期间被覆盖......任何建议都受到热烈欢迎。

for file in ./TEST/;
    do 
        awk '/R.Time/,/LC/' 070_WT3a.txt|awk '/R.Time/,/PDA/'|grep -v -E "PDA|LC"|grep -w -v "80,00000"|grep -w -v "80,00833"|grep -w -v "80,01667"|grep -w -v "80,01067"|grep -w -v "80,02133"|sed -n '1,9601p' > ./Output/Fluo.txt;
        awk '/R.Time/,/LC/' 070_WT3a.txt|awk '/R.Time/,/PDA/'|grep -v -E "PDA|LC"|grep -w -v "80,00000"|grep -w -v "80,00833"|grep -w -v "80,01667"|grep -w -v "80,01067"|grep -w -v "80,02133"|sed -n '9603,19203p' > ./Output/RID.txt;
    done

Answer 1

在循环内部，您可以使用变量${file}。第一个改进（您可以在管道之后添加额外的行）：

for file in ./TEST/;
do 
   filebasename=${file##*/}
   awk '/R.Time/,/LC/' ${file}.txt |
      awk '/R.Time/,/PDA/' |
      grep -v -E "PDA|LC" |
      grep -w -v "80,00000"|
      grep -w -v "80,00833"|
      grep -w -v "80,01667"|
      grep -w -v "80,01067"|
      grep -w -v "80,02133"|
      sed -n '1,9601p' > ./Output/Fluo_${filebasename};
   awk '/R.Time/,/LC/' 070_WT3a.txt |
      awk '/R.Time/,/PDA/'|
      grep -v -E "PDA|LC"|
      grep -w -v "80,00000"|
      grep -w -v "80,00833"|
      grep -w -v "80,01667"|
      grep -w -v "80,01067"|
      grep -w -v "80,02133"|
      sed -n '9603,19203p' > ./Output/RID_${filebasename};
done

接下来您可以做的是改进解析。
如果没有示例输入/输出，很难看到/测试解决方案，我无法确定所有文件都需要在 9601/9603/19203 行上拆分，这似乎适用于 070_WT3a.txt。 我想从跳过80* 行开始，但这些行内部可能有边界 R.Time/LC，所以这无济于事。 您可能想在070_WT3a.txt 上测试

awk '/R.Time/,/LC/' 070_WT3a.txt |awk '/R.Time/,/PDA/'|
   grep -v -E "PDA|LC"|grep -Ewv "80,0(0000|0833|1667|1067|2133)"

您可以尝试将 2 个 awk 合并为一个（甚至将 grep 放在 awk 中，但如果没有明确的要求和示例，这将变得离题且难以测试。

编辑： 在使用示例输入进行测试后，我发现这很简单：

for file in TEST/*.txt; do 
   filebasename=${file##*/}
   awk '/LC Chromatogram(Detector A-Ch1)/,/^80,/' "${file}" | 
      grep -E "^[0-7]" > Output/Fluo_${filebasename}
   awk '/LC Chromatogram(Detector B-Ch1)/,/^80,/' "${file}" |
      grep -E "^[0-7]" > Output/RID_${filebasename}
done

在循环中我使用 ${file}，每个循环都有不同的文件名。 filenaam 也用于输出文件的名称。文件名将以TEST/ 开头，可以用${file##*/} 剥离（有很多不同的方法，例如使用cut -d"/" 和sed 's/..，这个很快）。