循环遍历目录中的所有输入并使用输入名称创建输出目录答案

【问题标题】：Looping through all the inputs in a directory and creating output directories with the input name循环遍历目录中的所有输入并使用输入名称创建输出目录
【发布时间】：2014-12-05 14:57:08
【问题描述】：

我有一个包含 10 个不同文件的目录，我需要对所有文件运行相同的命令，但将结果保存在单独的目录中，这些目录是唯一的，我的输入文件名作为结果目录名。我知道我的问题类似于Looping through all the inputs and creating distinct output files，所以我尝试了以下代码：

cd /user/test

for i in *.txt
do 
   fastqc $i -o {$i}.out
done

我收到一个错误：

Specified output directory '{1.txt}.out' does not exist
Specified output directory '{2.txt}.out' does not exist

我想知道可能是什么问题，因为它在创建管道和工作流时会有所帮助。谢谢！

【问题讨论】：

标签： bash loops

【解决方案1】：

你外面有{和}，你需要使用：

cd /user/test    
for i in *.txt; do
   fastqc "$i" -o "${i}.out"
done

或者只是：

for i in *.txt; do
   fastqc "$i" -o "$i.out"
done

因为 DOT 不被视为变量名的一部分。

【讨论】：

【解决方案2】：

我喜欢使用find，如果您的文件位于嵌套目录中，这很有用：

find /user/test -name '*.txt' -exec fastqc "{}" -o "{}.out" \;

find 将对它在 /user/test 中找到的所有 .txt 文件执行-exec 之后指定的命令（搜索是递归的）。

【讨论】：