使用bash脚本通过java代码运行多个文件答案

【问题标题】：Using Bash script to run multiple files through java code使用bash脚本通过java代码运行多个文件
【发布时间】：2016-11-24 21:51:32
【问题描述】：

我有一些用于分析文件的代码，该代码被设置为使用 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/ 目录中的以下命令行输入一次分析 1 个文件：

java MultiFOLDIA_IMODE1 complex.1.pdb /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_complex.1.pdb_IMODE1.txt > /home/john/Dropbox/博士/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log

我想对 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ 目录中的每个文件运行该命令，并尝试使用以下脚本：

#!/bin/bash

poses=(~/home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/*)

for f in "${poses[@]}"; do
java MultiFOLDIA_IMODE1 "$f" /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_"$f"_IMODE1.txt > /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log
done

它不起作用，我想我不明白如何从数组中提取文件名并以这种方式使用它们。

【问题讨论】：

标签： java arrays bash loops

【解决方案1】：

~/ 已经是/home/john。

所以~/home/john 可能不存在。

这应该会让你更接近你的目标：

cd /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/

for pdb in *.pdb
do
  echo "Processing $pdb"
  java MultiFOLDIA_IMODE1 "$pdb" ./ T0868_T0869 ../T0868_T0869_"$pdb"_IMODE1.txt >> ../MultiFOLDIA_IMODE1.log
done

【讨论】：

Hurrah 这行得通，现在来教育自己为什么行得通 ;) 谢谢 Eric
有什么特别不明白的地方吗？

【解决方案2】：

这应该可以。

find /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ -maxdepth 1 -type f -exec java MultiFOLDIA_IMODE1 '{}' /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_'{}'_IMODE1.txt >> /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log \;

另外，当重定向输出时使用>>而不是>。 > 截断文件，最后你将只有上次执行的日志例如：

$ echo a > test.txt
$ echo a > test.txt
$ cat test.txt
a

$ echo a >> test.txt
$ echo a >> test.txt
$ cat test.txt
a
a

【讨论】：

这不会像这样工作。您应该删除 -path 并且尝试使用未定义的 "$f"。
没错，我错过了这个“$f”
感谢有关重定向输出的提示，非常有用。