嵌套 for 循环 - 获得正确的顺序

Question

在进行嵌套 for 循环时，我无法掌握如何正确地输出正确的顺序。

我有一个整数列表：

[7, 9, 12]

还有一个包含多行 DNA 序列数据的 .txt。

>Ind1 AACTCAGCTCACG
>Ind2 GTCATCGCTACGA 
>Ind3 CTTCAAACTGACT

我正在尝试创建一个嵌套的 for 循环，它采用第一个整数 (7)，遍历文本行并在每行的位置 7 处打印字符。然后取下一个整数，并在每行的位置 9 处打印每个字符。

with (Input) as getletter:
    for line in getletter:
        if line [0] == ">":

            for pos in position:
                snp = line[pos]
                print line[pos], str(pos)

当我运行上面的代码时，我得到了我想要的数据，但是顺序错误，像这样：

A  7
T  9
G  12
T  7
A  9
G  12
T  7
C  9
A  12

我想要的是这个：

A  7
T  7
T  7
T  9
A  9
C  9
G  12
G  12
A  12

我怀疑可以通过更改代码的缩进来解决问题，但我无法正确解决。

--------编辑--------

我试图交换两个循环，但我显然没有得到更大的图景，这给了我与上述相同（错误）的结果。

with (Input) as getsnps:
    for line in getsnps:
        if line[0] == ">":
            hit = line
        for pos in position:
                print hit[pos], pos

Answer 1

尝试回答：

with (Input) as getletter:
    lines=[x.strip() for x in getLetter.readlines() if x.startswith('>') ]
    for pos in position:
        for line in lines:
            snp = line[pos]
            print ("%s\t%s" % (pos,snp))

文件被读取并缓存到数组中（行，丢弃不以>开头的文件） 然后我们遍历位置，然后遍历行并打印预期结果。

请注意，您应该检查您的偏移量是否大于您的线。

没有列表理解的替代方案（将使用更多内存，特别是如果您有很多无用的行（即不以 '>' 开头）

with (Input) as getletter:       
    lines=getLetter.readlines()
    for pos in position:
        for line in lines:
            if line.startswith('>'):
                 snp = line[pos]
                 print ("%s\t%s" % (pos,snp))

另一种存储方式（假设位置小而输入大）

with (Input) as getletter:
    storage=dict()
    for p in positions:
        storage[p]=[]
    for line in getLetter:
        for p in positions:
            storage[p]+=[line[pos]]
for (k,v) in storage.iteritems():
    print ("%s -> %s" % (k, ",".join(v))

如果位置包含大于行大小的值，使用line[p] 将触发异常（IndexError）。您可以捕获它或测试它

try:
    a=line[pos]
except IndexError:
    a='X'

if pos>len(line):
   a='X'
else:
   a=line[pos]