R函数选择2个具有相似文件名的文件

【问题标题】：R function that selects 2 files with the similar file namesR函数选择2个具有相似文件名的文件
【发布时间】：2020-02-21 03:14:39
【问题描述】：

我正在尝试匹配具有相似文件名的文件以用作函数的输入。例如，如果目录中的文件名是：

atac.macaque.R1.fastq.gz
atac.macaque.R2.fastq.gz
atac.human.R1.fastq.gz
atac.human.R2.fastq.gz

是否有一个函数可以识别 atac.macaque.R1.fastq.gz 和 atac.macaque.R2.fastq.gz 是对的并且应该分别作为 x 和 y 输入到将读取这些文件的函数中?

我希望找到一个函数，它可以遍历目录中的所有文件对（它们都以不同的名称开头，即 atac.human 与 atac.macaque），然后应用于我使用的文件读取函数.

【问题讨论】：

或许使用正则表达式来选择合适的匹配？

标签： r

【解决方案1】：

每个文件都有一对吗？如果是，那么你可以得到文件路径的向量，并在对名称进行排序后将它们放入一个矩阵中。

x <- sort(list.files('/path/to/directory', pattern = "\\.gz$"))
mat <- matrix(x, ncol = 2)
mat

#     [,1]                     [,2]                      
#[1,] "atac.human.R1.fastq.gz" "atac.macaque.R1.fastq.gz"
#[2,] "atac.human.R2.fastq.gz" "atac.macaque.R2.fastq.gz"

现在，每一列都是一对，如果你有一些函数将这两个文件作为参数，你可以使用apply column-wise 将这些函数应用于每一对。

some_func <- function(x, y) #does some thing with x & y
apply(mat, 2, some_func)

【讨论】：

x <- sort(list.files('/path/to/directory', pattern = "\\.gz$")) ...这将是完美的！
是的，这可能更安全。谢谢，更新了答案。