来自 Clojure 的 rJava答案

【问题标题】：rJava from Clojure来自 Clojure 的 rJava
【发布时间】：2016-10-31 18:12:46
【问题描述】：

我正在尝试将 Clojure 中的 R 与 rJava 一起使用，如 here 所示。我有以下内容：

(ns prototype.core
  (:gen-class)
  (:require [prototype.dataGraph :as dg])
  (:import [org.rosuda.JRI Rengine]))

(defn -main
  "Program main entry point."
  [& args]
  (new Rengine (into-array String ["--no-save"]) false nil)
  (println "Hello."))

然后，我得到了堆栈跟踪

找不到 JRI 原生库！请确保 JRI 本机库位于 java.library.path 中列出的目录中。

java.lang.UnsatisfiedLinkError: java.library.path 中没有 jri

看来我没有正确指定库位置...

Java 构造函数是这样的：

Rengine engine = new Rengine(new String[] { "--no-save" }, false, null);

我的 project.clj 文件：

(defproject prototype "0.1.0-SNAPSHOT"
  :description "FIXME: write description"
  :url "http://example.com/FIXME"
  :license {:name "Eclipse Public License"
            :url "http://www.eclipse.org/legal/epl-v10.html"}
  :dependencies [[org.clojure/clojure "1.8.0"]]
  :plugins [[lein-expand-resource-paths "0.0.1"]]
  :resource-paths ["/usr/lib/R/site-library/rJava/jri/JRI.jar" "/usr/lib/R/site-library/rJava/jri/JRIEngine.jar" "/usr/lib/R/site-library/rJava/jri/REngine.jar"]
  :main ^:skip-aot prototype.core
  :target-path "target/%s"
  :profiles {:uberjar {:aot :all}})

rJava 能否与 Clojure 一起成功使用？

【问题讨论】：

rJava 用于从 R 调用 Java，而不是相反。
@Hong Ooi 好吧，如果我理解这家伙的所作所为，这似乎是可行的......codophile.com/how-to-integrate-r-with-java-using-rjava

标签： r clojure rjava clojure-java-interop

【解决方案1】：

是的，所以问题是在 java.library.path 中未正确指定共享库。这有效：

(defproject prototype "0.1.0-SNAPSHOT"
  :description "FIXME: write description"
  :url "http://example.com/FIXME"
  :license {:name "Eclipse Public License"
            :url "http://www.eclipse.org/legal/epl-v10.html"}
  :dependencies [[org.clojure/clojure "1.8.0"]]
  :plugins [[lein-expand-resource-paths "0.0.1"]]
  :resource-paths ["/usr/lib/R/site-library/rJava/jri/JRI.jar" "/usr/lib/R/site-library/rJava/jri/JRIEngine.jar" "/usr/lib/R/site-library/rJava/jri/REngine.jar"]
  :jvm-opts [~(str "-Djava.library.path=/usr/lib/R/site-library/rJava/jri/:" (System/getenv "$LD_LIBRARY_PATH"))]
  :main ^:skip-aot prototype.core
  :target-path "target/%s"
  :profiles {:uberjar {:aot :all}})

【讨论】：