Python Networkx：将网络保存/序列化到硬盘时保留节点ID

Question

我在 Python 中使用 networkx1.10 进行一个项目，该项目需要将网络转储到硬盘上，然后重新加载它们，以便继续执行一些操纵此类网络的算法。

我一直在尝试用几种不同的方式来做到这一点：首先使用 nx.write_gml() 和 nx_read_gml()，现在使用 pickle/cpickle。

虽然从表面上看一切正常，但我注意到无论保存/加载是否在某个时间点发生，我在模拟中都会得到不同的结果。

我认为这可能与某些网络似乎被转储/重新加载过程修改的事实有关（这当然是出乎意料的）。

为了调试，现在我正在使用 pickle 保存和重新加载每个网络，比较转储/重新加载前后它们的 gml 表示（通过 nx.write_gml / nx.generate_gml 实现）。这样做，我注意到了一些差异。

在某些情况下，只是某些图形属性的顺序被修改，不会对我的程序造成任何伤害。在其他情况下，两条边在 gml 表示中出现的顺序是不同的，同样没有害处。

但是，通常会修改某些节点的 ID，如下例所示：

https://www.diffchecker.com/zvzxrshy

虽然边缘似乎进行了相应的修改，因此网络看起来是等效的，但 ID 的这种变化可能会改变我的模拟（原因我不打算解释）。

我相信这可能是我问题的根源。

您知道为什么会发生这种情况吗，即使使用低级序列化机制（例如由 pickle/cpickle 实现的那些机制）？

如何确保序列化过程前后的网络完全相同？

我正在做这样的事情：

with open('my_network.pickle', 'wb') as handle:
    pickle.dump(my_network, handle, protocol=pickle.HIGHEST_PROTOCOL)
...
with open('my_network.pickle', 'rb') as handle:
    my_network_reloaded = pickle.load(handle)

# compare nx.write_gml for my_network and my_network_reloaded

任何帮助将不胜感激：过去三天我一直在与这个问题作斗争，我快疯了！

谢谢

Answer 1

它们似乎是相同的图，直到同构。

您的问题可能是节点顺序。实际上，networkx 使用 dicts 来存储节点和边，它们是无序和随机的。

您有两种解决方案：要么忽略它，要么使用有序图：

>>> class OrderedGraph(nx.Graph):
...    node_dict_factory = OrderedDict
...    adjlist_dict_factory = OrderedDict
>>> G = OrderedGraph()
>>> G.add_nodes_from( (2,1) )
>>> G.nodes()
[2, 1]
>>> G.add_edges_from( ((2,2), (2,1), (1,1)) )
>>> G.edges()
[(2, 2), (2, 1), (1, 1)]

（来自the documentation of the Graph class的示例）