尽管加载了包但找不到函数-R答案

【问题标题】：function not found although package is loaded - R尽管加载了包但找不到函数-R
【发布时间】：2018-11-27 18:43:38
【问题描述】：

我一直在使用 R（版本 3.3-3.5）中的 MICE 包（版本 2.2-3.3）处理估算数据集。我现在正在尝试向估算数据集添加一些变量，这些变量在历史上使用cbind.mids() 运行良好（在这种特定情况下，它是来自 Surv 函数的 Surv 对象变量）。由于某种原因，这不再起作用。虽然加载了mice包，但是没有找到函数cbind.mids()。

小例子：

> library(mice)
Loading required package: lattice

Attaching package: ‘mice’

The following objects are masked from ‘package:base’:

cbind, rbind

> cbind.mids()
Error in cbind.mids() : could not find function "cbind.mids"

注意 1：?cbind.mids 仍然可以工作并找到帮助文件。仅使用mice 包中的cbind() 也不起作用，它会将我的新变量合并到mids 对象中，但它们在后续分析中不起作用。

注意 2：我尝试重新安装 R、鼠标和 Rstudio。我没有收到任何其他错误消息以供指导。

有谁知道它为什么会这样？ cbind.mids() 功能是否因某种原因被删除，还是我的系统有问题？

【问题讨论】：

隐藏了吗？试试mice:::cbind.mids
嗯，它就在那里：getAnywhere(cbind.mids)returns "找到一个匹配 'cbind.mids' 的对象\n 它在以下地方找到\n namespace:mice"，但它没有显示在方法（cbind）的结果中。我想知道它是否没有正确注册。有时作者会在函数名称中添加句点，但它们实际上并不属于 S3 组。试试mice:::cbind.mids
根据包源和文档，这是按预期工作的。 cbind.mids 不应该直接使用。

标签： r r-mice

【解决方案1】：

我将使用函数“cbind.mids {mice}”的 R 文档中描述的函数“cbind”。它也适用于 Surv 对象变量。

require(mice);
require(survival);

with(lung, Surv(time, status))
cbind(
  x = Surv(heart$start, heart$stop, heart$event)
  ,y = Surv(heart$start, heart$stop, heart$event));

【讨论】：

【解决方案2】：

cbind.mids() 是来自mice 包的cbind() 函数。在 R 控制台中，输入 ?cbind，然后从 mice 包中选择一个，然后在底部（另请参阅）单击 cbind.mids 并查看示例。您会看到函数cbind 在需要时自动执行cbind.mids。至少我很确定这种情况，就像 data.table 中的合并函数名称为 merge.data.table 但您在使用该函数时只写 merge。告诉我它是否适合你。

编辑：尝试使用示例中的格式。如果它不起作用，那么该功能可能不再在包中更新/使用？

编辑 2：mice::cbind() 上的官方说明：

"标准的 base::cbind() 和 base::rbind() 总是分派到 base::cbind.data.frame() 或 base::rbind.data.frame() 如果其中之一参数是一个data.frame。鼠标包中定义的版本拦截用户命令并测试第一个参数是否有 “中”类。 如果是，函数分别调用cbind.mids() rbind.mids()。在所有其他情况下，呼叫被转发到标准基础包中的函数。”

【讨论】：

为什么cbind.mids*没有出现在methods(cbind)的结果中？（您只证明了cbind.mids 有一个帮助页面。
对，我怀疑是这样，也许这个错误是我误解了实际问题的结果。奇怪的是，使用 cbind.mids(mids, SurvObj) 过去可以正常工作，但现在不行了。将 mids 对象与向量合并似乎适用于 cbind(mids, vector)。当我尝试与 SurvObjects 的向量合并时，合并有效，但对生成的 mids 对象执行任何操作都会失败，并且我收到错误消息“bind_rows_(x, .id) 中的错误：参数 40 的长度必须为 74958，而不是 149916 "。
@42- 它没有出现在列表中，因为它不是通过 S3 调度调用的，而是手动调用的。 cbind 的 S3 调度已损坏。 :-(
@Wernicke “rbind.mids”函数也发生了同样的事情。他们可能更新了软件包，因此您不再需要编写长格式（尽管我觉得这有点烦人）。此外，我需要您的数据样本（或可重现的示例）来帮助您处理此错误消息。编辑：去阅读我的答案的第二个编辑。

【解决方案3】：

现在我可以回答最初的问题和我问康拉德的问题了。 mice 函数屏蔽了基本 S3 cbind 函数。在我加载鼠标时注意到了这一点，但我没有给予足够的关注。因此，在首先加载鼠标后对 cbind 的任何调用都会通过此函数（而不是通常的 S3 UseMethod-dispatch）。我认为认为通常的 S3 调度被“屏蔽”或隐藏而不是说它“损坏”更有帮助：

> `cbind`
function (...) 
{
    if (is.null(attr(list(...)[[1]], "class"))) 
        return(base::cbind(...))
    if ("mids" %in% attr(list(...)[[1]], "class")) 
        return(cbind.mids(...))
    else return(base::cbind(...))
}
<bytecode: 0x1b399908>
<environment: namespace:mice>

所以原来的 S3 函数就在那里，只是隐藏在它们定义的任何命名空间中：

> getS3method('cbind', 'mids')
Error in getS3method("cbind", "mids") : S3 method 'cbind.mids' not found
> getS3method('cbind', 'data.frame')
function (..., deparse.level = 1) 
{
    if (!identical(class(..1), "data.frame")) 
        for (x in list(...)) {
            if (inherits(x, "data.table")) 
                return(data.table::data.table(...))
        }
    data.frame(..., check.names = FALSE)
}
<bytecode: 0x51233f0>
<environment: namespace:base>

> getS3method('cbind', 'sf')
function (..., deparse.level = 1, sf_column_name = NULL) 
{
    st_sf(data.frame(...), sf_column_name = sf_column_name)
}
<bytecode: 0xb380a80>
<environment: namespace:sf>

（我不确定这是否能回答以前版本的鼠标包的任何行为变化。为此，首先要转到news(pac='mice')

V2.41    10jul2017 SvB
ADDED    New feature: `where`argument to mice
ADDED    New `wy` argument to imputation functions
ADDED    New mice.impute.2l.sys(), author Shahab Jolani
UPDATE   Many simplifications and code enhancements
FIXED    Broken cbind() function

它没有说明mice::cbind 函数以何种方式损坏或分成了多少块。

V2.33    11apr2017 SvB
CHANGED  Stylistic changes to mice function (thanks Ben Ogorek)
CHANGED  calls to cbind.mids() replaced by calls to cbind()

【讨论】：