【问题标题】:Enforcing wildcard constraints in expansion在扩展中强制执行通配符约束
【发布时间】:2021-05-25 15:28:41
【问题描述】:

我想收集与正则表达式^fs_node\d+\.xyz$ 匹配的所有文件,但我不知道如何编写扩展,以便 glob 使用约束。现在,

wildcard_constraints:
    nodeidx = "\d+",

rule all:
    input:
        expand("fs_node{i}.xyz",
               i=glob_wildcards("fs_node{nodeidx}.xyz").nodeidx)

产生的输出也匹配带有irc 的文件,这是我不想要的:

    input: fs_node37_irc.xyz, fs_node41_irc.xyz, fs_node32.xyz, fs_node10.xyz, fs_node43.xyz, fs_node2.xyz, fs_node30_irc.xyz, fs_node16.xyz, fs_node45.xyz, fs_node23_irc.xyz, fs_node2_irc.xyz, fs_node44_irc.xyz, fs_node33_irc.xyz, fs_node35.xyz, fs_node1.xyz, fs_node28_irc.xyz, fs_node42.xyz, fs_node15_irc.xyz, fs_node12_irc.xyz, fs_node35_irc.xyz, fs_node42_irc.xyz, fs_node44.xyz, fs_node31.xyz, fs_node17_irc.xyz, fs_node8_irc.xyz, fs_node43_irc.xyz, fs_node15.xyz, fs_node5_irc.xyz, ...

如何在扩展中正确执行(全局)通配符约束?它是全球性的,因为也可以在其他地方使用。

【问题讨论】:

标签: python regex wildcard snakemake


【解决方案1】:

也许glob_wildcards 不够灵活。我会明确列出所有文件,使用一些正则表达式选择您想要保留的文件,提取变量部分 nodeidx 并将其用作通配符。未测试:

import os
import re

listdir = os.listdir(os.getcwd())

nodeidx = []
for x in listdir:
    if re.match('^fs_node\d+\.xyz$', x):
        idx = re.sub('^fs_node', '', re.sub('\.xyz$', '', x))
        _ = int(idx) # sanity check
        nodeidx.append(idx)

wildcard_constraints:
    nodeidx = '|'.join([re.escape(x) for x in nodeidx])

rule all:
    input:
        expand("fs_node{nodeidx}.xyz", nodeidx= nodeidx) 

【讨论】:

  • 这也是我使用的方法。
  • 我需要做_ = int(idx),因为其中一个匹配项是数字零,这是所需的行为。但这行得通。
  • @pentavalentcarbon 关于数字零的好处!
  • @dariober 我当然想进行编辑,但建议的编辑队列已满?!
猜你喜欢
  • 2011-09-07
  • 2013-12-26
  • 2012-12-05
  • 1970-01-01
  • 2022-01-08
  • 2015-07-13
  • 1970-01-01
  • 2012-04-04
  • 2018-03-07
相关资源
最近更新 更多