安装 Bio::DB::Sam perl 模块答案

【问题标题】：Installing Bio::DB::Sam perl module安装 Bio::DB::Sam perl 模块
【发布时间】：2014-08-28 19:03:16
【问题描述】：

我正在尝试在远程服务器上的主目录上安装 perl 模块 Bio::DB::Sam。

我下载了模块，提取了文件，然后运行：

perl Build.pl prefix=~/local

接下来会发生什么：

This module requires samtools 0.1.10 or higher (samtools.sourceforge.net).
Please enter the location of the bam.h and compiled libbam.a files: **/some_places/samtools-0.1.19**

Found /some_places/samtools-0.1.19/bam.h and /some_places/samtools-0.1.19/libbam.a.
Created MYMETA.yml and MYMETA.json
Creating new 'Build' script for 'Bio-SamTools' version '1.39'

接下来当我尝试运行时：

./Build

这是我得到的：

  Building Bio-SamTools
gcc -shared -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -o blib/arch/auto/Bio/DB/Sam/Sam.so lib/Bio/DB/Sam.o c_bin/bam2bedgraph.o -L/some_places/samtools-0.1.19 -lbam -lpthread -lz
/usr/bin/ld: /some_places/samtools-0.1.19/libbam.a(bgzf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata.str1.1' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/some_places/samtools-0.1.19/libbam.a: could not read symbols: Bad value
collect2: ld returned 1 exit status
error building blib/arch/auto/Bio/DB/Sam/Sam.so from lib/Bio/DB/Sam.o c_bin/bam2bedgraph.o at ~/perl5/lib/perl5/ExtUtils/CBuilder/Base.pm line 323.

我确实在谷歌上搜索了可能的解决方案并尝试了几个，但它们都不起作用，例如--enable-shared OR export CXXFLAGS="$CXXFLAGS -fPIC".

我已经在我的主目录中安装了 Bioperl。

任何帮助将不胜感激。

干杯

【问题讨论】：

您是否已通过电子邮件向 samtools 的作者寻求帮助？
不，我还没有。目前，我正在尝试使用 -fPIC 重新编译我们这边的 samtools 版本，看看在安装 Bio::DB::Sam 时是否仍然遇到同样的问题。
根据我的经验，这很常见。您需要在 samtools 目录中 make clean，然后编辑 samtools dist 中的 Makefile 以将“-fPIC”添加到 CFLAGS。之后，您可以尝试构建 Bio-SamTools。
我这样做了，但我开始收到不同的错误，这些错误显然来自 samtools 和 Bio::DB::Sam 版本中的不同。我已经下载了最新版本的 samtools，显然 Bio::DB::Sam 不再支持了。在新的 samtools bam.h 库中有一些函数被注释掉了。我打算下载并安装旧版本的 samtools，并尝试将 Bio::DB::Sam 链接到旧版本的 samtools，并将在此处发布结果。

标签： perl module installation bioinformatics bioperl

【解决方案1】：

这是一个脚本，它将获取 SAMtools 源并对其进行编译，然后获取并编译 Perl 绑定。

wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.18/samtools-0.1.18.tar.bz2
tar xjf samtools-0.1.18.tar.bz2 && cd samtools-0.1.18
make CFLAGS=-fPIC
export SAMTOOLS=`pwd`
cpanm Bio::DB::Sam

您可能看到的部分问题是 SAMtools 项目最近经历了一些重大的代码重组（这自然使得使用外部语言绑定变得困难）。

【讨论】：

感谢 SES，我会试一试，并会及时通知您它是如何工作的。最后一个问题，如果我想将它安装在我的主目录上，除了在安装 samtools 时定义前缀=~/someplaces 之外，我还需要做任何其他事情吗？
@Nikleotide，在构建 Bio-SamTools 之前，您还需要确保 SAMTOOLS env 变量指向 samtools 目录的正确位置（如果不是以交互方式构建并明确指定它）。希望对您有所帮助。
感谢 SES。由于出现了紧急情况，我不得不将其搁置几天。我会拿起这个，让你知道我的进步。感谢所有的帮助和你的时间。
@Nikleotide，上面的命令只需要几秒钟，所以你会立即知道它是否有效（即，你会在测试结束时看到“PASS”）。从那里，您可以使用 Perl 库，或运行 ./Build install，然后您可以在任何地方使用 Bio-SamTools。
@Nikleotide，如果测试通过并且您成功完成了./Build install，则安装了 Bio-SamTools。您可以使用命令perl -MBio::DB::Sam -e 1 来测试安装。如果它什么也没打印，则一切都已安装。

【解决方案2】：

我通过使用 -fPIC 参数重新制作 samtools 解决了这个问题

make clean
make CXXFLAGS=-fPIC CFLAGS=-fPIC CPPFLAGS=-fPIC

然后使用 cpan 安装。

cpan[2]> install Bio::DB::Sam

【讨论】：

【解决方案3】：

[已解决]

wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.18/samtools-0.1.18.tar.bz2

tar xjf samtools-0.1.18.tar.bz2 && cd samtools-0.1.18

make CFLAGS=-fPIC

在终端输入cpan并输入

install Bio::DB::Sam

小心：

你不能使用以下命令：

perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(Bio::DB::Sam)'

只能使用cpan，然后使用

install Bio::DB::Sam

【讨论】：

【解决方案4】：

我按照 Bio-SamTools-1.43 下面的 README 文件中的说明在 samtools 0.1.17 中编辑 Makefile。然后，为了安装，我使用了

perl -MCPAN -e 外壳安装 Bio::DB::Sam

自述文件：

这是 SAMtools 序列比对的 Perl 接口界面。它仅适用于 Samtools 最高 0.1.17 的版本。它确实由于库中的重大更改，无法在 1.0 或更高版本上运行结构。

有关 samtools 文档，请参阅 http://samtools.sourceforge.net/。

一步安装

在此发行版的根目录中，您将找到该脚本安装.pl。运行此将下载此的最新版本模块和 SamTools 到一个临时目录，编译它们，测试和安装。只需运行：

perl INSTALL.pl

多步骤安装

更传统的安装需要你单独下载，将SAMtools 0.1.10 到0.1.17 解压并编译到一些可访问的版本中目录。在 samtools 目录中键入“make”通常会工作。 SAMtools 版本 0.1.18 及更高版本不适用于此图书馆。

然后设置环境变量SAMTOOLS指向这个目录。

您还需要从 CPAN 安装 Bio::Perl。

现在运行：

perl 构建.PL 。/建造 ./构建测试 (sudo) ./构建安装

疑难解答：

如果在编译过程中遇到问题，可能需要编辑 Build.PL 以便 extra_compiler_flags 匹配 CFLAGS 和 DFLAGS Samtools Makefile 中的设置。以下是一些常见问题：

构建此模块时，您会收到如下错误：重定位 R_X86_64_32 针对“本地符号”时不能使用制作共享对象；用 -fPIC 重新编译

要解决此问题，请编辑 Samtools 发行版中的 Makefile，添加 “-fPIC”到 CFLAGS 行。当您使用它时，您可能还希望摆脱出现在下面的一堆未使用的变量警告最新版本的 gcc。修改后的 CFLAGS 将如下所示

CFLAGS= -g -Wall -Wno-unused -Wno-unused-result -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc

然后在 Samtools 目录下执行“make clean; make”重新编译图书馆。在此之后，您应该能够构建此模块而无需错误。

构建此模块时，您会收到关于缺少数学的错误图书馆。

要解决这个问题，请按照 (1) 中的配方，除了将 -m64 添加到 CFLAGS 以便它看起来像这样：

CFLAGS= -g -Wall -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc

测试和贡献：

您可以通过以下方式获取此模块的最新开发版本其 GitHub 站点为https://github.com/GMOD/GBrowse-Adaptors。请随时通过 GitHub 提交错误报告、补丁等。

作者：

林肯·D·斯坦因

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【讨论】：