在不输入 FASTA 文件的情况下运行 clustalw2答案

【问题标题】：Run clustalw2 without input FASTA file在不输入 FASTA 文件的情况下运行 clustalw2
【发布时间】：2013-09-17 22:31:28
【问题描述】：

如何在没有输入 FASTA 文件的情况下运行 ClustalW2？

我可以在命令中添加管道吗？我目前在Biopython Tutorial and Cookbook 中关注section 6.2.1。

【问题讨论】：

你必须有一些你想对齐的序列——它们在内存中是 SeqRecord 对象吗？在内存中作为 FASTA 格式字符串？还有什么？

标签： python biopython fasta clustal

【解决方案1】：

关于使用 Biopython

我假设您希望使用 clustal 包装器 ClustalwCommandLine。作为一个包装器，它的功能是从一个实例创建适当的命令行调用。

我认为直接使用命令行工具通常更容易，使用 subprocess（因此完全跳过 Biopython）。

`stdin in clustalw2`

咨询clustalw2 documentation，我发现无法从stdin传递数据：

        DATA (sequences)

-INFILE=file.ext                             :input sequences.
-PROFILE1=file.ext  and  -PROFILE2=file.ext  :profiles (old alignment).

`stdin in clustalo`

但是，如果可以选择升级到 Clustal Omega，您可以在 Clustal Omega documentation 中看到可以通过 - 表示从 stdin 获取输入：

SEQUENCE INPUT:

-i, --in, --infile={<file>,-}
    Multiple sequence input file (- for stdin)

参考how do I pass a string in subprocess.Popen，简而言之：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT


proc = Popen(['clustalwo', '-', <...>], stdout=PIPE, stdin=PIPE, stderr=STDOUT)
stdout = p.communicate(input='> Seq one\nATCGCTACGCACTACGTACG...')

【讨论】：