将序列导出为 fasta 宽格式答案

【问题标题】：Export sequences to fasta wide format将序列导出为 fasta 宽格式
【发布时间】：2013-02-21 22:58:19
【问题描述】：

我正在尝试使用 Bio::SeqIO 将对齐的序列一一导出到 fasta 文件。结果是序列每 60 列被一个新行打破。如何避免这种情况？
我希望以“宽”格式导出序列，即序列中没有换行符。

我的代码大致是：

use Bio::SeqIO;
my $seqin = Bio::SeqIO->new(-file => "<$fastaFile", '-format' => 'Fasta');
my $outname = fileparse($fastaFile, qr/\.[^\.]*$/) . "_sub.fasta";
my $seqout = Bio::SeqIO->new(-file => ">$outname", '-format' => 'Fasta');

while(my $seq = $seqin->next_seq){
      # do something with $seq
      $seqout->write_seq($seq);
}

【问题讨论】：

愚蠢的想法并没有真正回答这个问题。但是，如果这只是你计划做一次或几次的事情，你可能会拼凑一个单行来删除换行符。例如，从不以“>”开头的行中删除所有换行符。然后，您可以将“>”替换为“\n>”，以在每个标题之前获取换行符。
是的，这就是我最终所做的。只是觉得可能有更优雅的方式。

标签： perl bioinformatics bioperl

【解决方案1】：

Bio::SeqIO::fasta 提供了一个width method 来指定应如何格式化写入的 FASTA 记录：

while (my $seq = $seqin->next_seq) {
    $seqout->width($seq->length);
    $seqout->write_seq($seq);
}

当然，如果你的序列有最大尺寸，你可以只放一个

$seqout->width(5000);

或者在循环之前。

【讨论】：