将标签添加到 bioperl DB::SAM/BAM答案

【问题标题】：Add tag to bioperl DB::SAM/BAM将标签添加到 bioperl DB::SAM/BAM
【发布时间】：2011-06-02 13:08:08
【问题描述】：

我有一个 bam 文件并使用 bioperl (Bio::DB::Sam) 来处理它。现在我想问一下是否有可能在这个文件的对齐中添加标签？

我用

    my $iterator     = $bam->features(-iterator => 1,
                                      -flags    => {M_UNMAPPED=>0});

    while (my $align = $iterator->next_seq) { 
        ...
    }

循环通过对齐的读取。现在我正在搜索类似

的东西

    $align->addTag(key=>value)

再见

【问题讨论】：

标签： bioinformatics bioperl bam

【解决方案1】：

BedTools 有一种注释 BAM 文件的方法，称为 TagBam

http://biostar.stackexchange.com/questions/9552/basic-bam-file-annotation

https://github.com/arq5x/bedtools

【讨论】：

【解决方案2】：

简短的回答，不。

可能对原始 SAM 执行此操作，然后将其转换回 BAM。我最近一直在为 BAM 编写 C++ api，我自己也遇到了这个问题。问题是表示这些信息的底层 c 结构都是紧密的字节压缩并占用特定数量的内存。有时他们可能比他们需要的多一点，但有时他们的数量恰到好处。在大多数情况下，添加到这些结构中会超出它们的可用内存。

所以，如果我是你，我会写出一个新的 SAM 文件，其中包含你的附加标签，然后使用 samtools 将其转换为 BAM

【讨论】：