【发布时间】:2016-10-21 13:16:01
【问题描述】:
我在将 bash 脚本变量传递到 awk 命令行时遇到了一些问题。
这是伪代码:
for FILE in $INPUT_DIR/*.txt; do
filename=`echo $FILE | sed -n 's/^.*\(chr[0-9A-Z]*\).*.vcf$/\1/p'`
OUTPUT_FILE=$OUTPUT_DIR/$filename.snps.txt
egrep -v "^#" $FILE | awk '{print $2,$4,$5}' > $OUTPUT_FILE
done
我 awk 列的最后一行,我希望它是灵活的或用户输入。例如,用户可能还想要第 6,7 和 8 列,或第 133 和 138 列,或第 245 到 248 列。那么我该如何自定义它,以便我可以让“打印 $2 .... $5”成为用户输入的东西?例如,用户会像这样运行这个脚本:bash script.sh input_dir output_dir [用户输入任何列的字符串],然后我会在输出中得到这些列。我试着把它传入,但我想我的语法不正确。
【问题讨论】: