为什么sqldf的语法错误

Question

我尝试以R语言（3.6）的批处理方式从数据框中选择特定数据但失败了。

当我使用时

sqldf("select * from Interact where miRNA = 'hsa-miR-510-5p' and
       Seqname ='chr3:195780289-195787118-' ")

结果没问题。

虽然我尝试过

sqldf("select * from Interact where miRNA = Interpairs[1,1] and 
       Seqname =Interpairs[1,2]"), 

或

sqldf('select * from Interact where miRNA = Interpairs$microRNA[1] and 
      Seqname = Interpairs$circRNA[1]')

结果是错误的。

result_create(conn@ptr, statement) 中的错误：“[1]”附近：语法错误

我想知道是否有人可以帮助解决这个问题？

Answer 1

传递给sqldf 的字符串必须是 SQL。您可以做的是通过在sqldf 前面加上fn$ 来插入相关内容，如图所示，然后R 将执行反引号中的代码，并将其输出替换为sql 字符串，然后再将字符串传递给sqldf .

library(sqldf)
DF <- data.frame(a = 'x', b = 'y', stringsAsFactors = FALSE) # test data

fn$sqldf("select * from DF where a = '`DF$a[1]`' and b = '`DF$b[1]`' ")
##   a b
## 1 x y

fn$sqldf("select * from DF where a = '`DF[1,1]`' and b = '`DF[1,2]`' ")
##   a b
## 1 x y

如果变量名不包含某些特殊字符，$variable 也会替换变量的内容：

a <- DF$a[1]
b <- DF$b[1]
fn$sqldf("select * from DF where a = '$a' and b = '$b' ")
##   a b
## 1 x y

如果您想查看实际传递给sqldf 的字符串，请将@​​987654330@ 参数添加到上述任何sqldf 调用中。

更多信息

sqldf github主页上有几个这样的例子：https://github.com/ggrothendieck/sqldf

也可以通过?fn 找到fn$ 的信息。请注意，这是一个通用工具，几乎可以用于任何功能，而不仅仅是sqldf。例如，

w <- "world"
fn$cat("Hello, $w\n")
## Hello, world