如何从 mgcv::gam.check 保存 edf 并跳过绘图答案

【问题标题】：How to save edf from mgcv::gam.check and skip the plots如何从 mgcv::gam.check 保存 edf 并跳过绘图
【发布时间】：2017-02-04 16:40:40
【问题描述】：

以下脚本中的 gam.check 将诊断结果输出到控制台（以及绘图）：

library(mgcv)
set.seed(0)
dat <- gamSim(1,n=200)
b<-gam(y~s(x0)+s(x1)+s(x2)+s(x3),data=dat)
gam.check(b,pch=19,cex=.3)

上述代码中 gam.check 语句向控制台的输出是：

Method: GCV   Optimizer: magic
Smoothing parameter selection converged after 8 iterations.
The RMS GCV score gradient at convergence was 0.00001072609 .
The Hessian was positive definite.
Model rank =  37 / 37 

Basis dimension (k) checking results. Low p-value (k-index<1) may
indicate that k is too low, especially if edf is close to k'.

         k'   edf k-index p-value
s(x0) 9.000 2.318   0.996    0.44
s(x1) 9.000 2.306   0.969    0.32
s(x2) 9.000 7.655   0.961    0.24
s(x3) 9.000 1.233   1.037    0.66

我想将诊断的输出保存到一个列表（或只是将表保存到一个数据框）并且不输出任何图形。

我考虑过的事情：

下面的代码返回一个空对象。

x
查看了 gam.check 的代码，似乎我想从
中“获取”结果
kchck

不幸的是，直接运行上面的代码行会产生一个'找不到函数“k.check”。
我可以使用 sink 将输出保存到控制台，但这不会关闭绘图。
Gavin Simpson 为提取绘图提供了一个很好的答案here，但我没有看到任何可以帮助解决我的问题的东西。

【问题讨论】：

定位于 user20650。三重“：”对我来说是新事物
仅供参考：stackoverflow.com/questions/2675502/…

标签： r gam mgcv

【解决方案1】：

user20650 上面评论中的答案是...

对于您的选项二，请使用包名...即 mgcv:::k.check 所以然后可以使用 f

...出于我的目的，我放弃了 printCoefmat

f <- function(b, k.sample = 5000, k.rep = 200) {
  mgcv:::k.check(b, subsample = k.sample, n.rep = k.rep)
}

(basis <- f(b))

【讨论】：