如何通过 python 调用/运行软件？答案

【问题标题】：How can I call/run a software by python?如何通过 python 调用/运行软件？
【发布时间】：2011-08-17 15:49:13
【问题描述】：

我正在尝试制作一个简单的脚本来逐个（一个接一个）运行不同的任务，但我不知道如何通过 python 脚本运行程序！我知道它应该很简单！但我在任何地方都找不到。我的例子是这样的：

samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam

samtools index filename.bam 
samtools idxstats filename.bam > filename.txt 
samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam

我希望 python 运行第一个命令，并在完成后转到下一个命令！重要的是要等到完成！

【问题讨论】：

标签： python call file-io

【解决方案1】：

from subprocess import call # call runs an external program and waits for it to quit

for command in ("samtools merge filename.bam file1.sorted.bam file2.sorted.bam file3.sorted.bam file4.sorted.bam", 
                "samtools index filename.bam", 
                "samtools idxstats filename.bam > filename.txt", 
                "samtools pileup -vcf path/filename.fa filename_sorted.bam"):
    # shell=True is so you can handle redirects like in the 3rd command
    call(command, shell=True)

【讨论】：

非常感谢，我已经厌倦了子进程，但我将引用 (") 仅用于 samtools 命令而不是文件名！

【解决方案2】：

使用subprocess module。页面底部有很多示例。

【讨论】：