将 javascript JSON 字符串传递给本地安装的 Cytoscape 软件

Question

我正在尝试了解 Cytoscape 自动化，以便将浏览器应用程序与 Cytoscape 桌面软件进行通信。 cyBrowser 在我阅读时可能很有用。我的目的是将一个 json 字符串从浏览器应用程序传递给 cytoscape。如https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/wiki/App-Developers:-Adding-Automation-to-Web-Pages 所示，以下可能有用，但是，我手头有一个字符串（不是服务器端 url）。

<input type="button" class="btn btn-primary" onclick="cybrowser.executeCyCommand('network load url url=http://nrnb.org/data/2017_keserci_biorxiv.xgmml');" value="Load network in Cytoscape">

此外，我无法找到与上述命令类似的特定文档以在 cyBrowser 中使用（请原谅我的天真，我仍然在研究 cyRest API）。我的要求不限于以上，我更希望从 cytoscape 软件中获取网络名称并在浏览器应用程序中使用它们，以及在浏览器应用程序中使用它们的边缘列表数据的可能性。所以基本上尝试建立双向通信。

如果我能很好地理解 API 可能会很容易，但考虑到在 cyREST API 上工作的初学者性质，我很荣幸能够在正确的方向上获得一些帮助。

谢谢

Answer 1

这里有几件事在起作用。首先，cybrowser.executeCommand() 不通过 CyREST——它使用命令语法。要查看可用的命令，您可以打开 Cytoscape 的命令窗口并键入“help”以查看命名空间（例如“network”）和“help namespace”以查看命令（例如“help network”）。在您的情况下，确实没有一个好的命令可以直接将 JSON 字符串发送到 Cytoscape。您需要使用较低层的 REST 调用来执行此操作。另一方面——这是一个好主意，可能我们可以实施。肯定有从 Cytoscape 获取边缘和节点列表的命令，因此您可以轻松地将它们嵌入到您的 Javascript 应用程序中。此外，还有一些命令可以创建网络并向该网络添加节点和边缘，这可能是您此时需要从 JSON 字符串构建网络的方式。