【发布时间】：2021-07-09 12:28:23
【问题描述】：
我是snakemake的新手，我从github下载了一个使用snakemake的包，我设法运行了一次，但是由于我的数据太大，完成整个事情需要27个小时，但大约99其中 % 用于执行 1 条规则，所以当该规则的输出文件已经存在时，我想跳过该特定规则。如果该规则的输出文件列在 rule all 部分中，snakemake 是否会自动跳过该规则？否则，我应该怎么做才能跳过它？
【问题讨论】：
标签： snakemake
【发布时间】：2021-07-09 12:28:23
【问题描述】：
从你描述的方式来看，是的，如果它的输出已经存在并且输出比它的输入更新，snakemake 将跳过那个长时间运行的规则。如果不满足第二个条件，snakemake 将再次运行规则。这是有道理的，对吧？如果输入已更新，则输出已过时，需要重做。请注意，snakemake 检查的是时间戳而不是文件的内容。
实际上，您可以使用--dry-run 选项执行snakemake，以确认它不会再次运行该规则。另请查看--summary 选项，了解为什么snakemake 想要执行某些规则并跳过其他规则。
（如有疑问，请复制长期运行规则的输出，以防万一......）
【讨论】：
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嗨@dariober，--dry-run 和--summary 帮了大忙！我发现了一个问题，即规则接受的输入可能在我每次运行蛇文件时都会更新，因此尽管我已经拥有上一次运行的输出文件并且没有更改任何内容，但它并没有被跳过。可能是开发人员的一个错误，我通过添加一个条件语句来绕过它，如果指定的文件已经存在，则建议不要运行该规则。非常感谢您的帮助！
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@AndreasAdinatha 查看ancient 标志以忽略输入的时间戳。