当grep中没有匹配时如何添加输出“non_assigned”？答案

【问题标题】：How to add output "non_assigned" when there is no match in grep?当grep中没有匹配时如何添加输出“non_assigned”？
【发布时间】：2020-10-20 23:44:38
【问题描述】：

当我在输入文件 (input.txt) 的一行上运行命令 (COMMAND) 时，我会得到一个相关的结果，其中只有一行是有趣的，总是从世界门开始。

例如：

superkingdom    2759    Eukaryota
clade   554915  Amoebozoa
phylum  555280  Discosea
order   313555  Himatismenida
family  313556  Cochliopodiidae

所以我跑了：

for p in $(cat input.txt) 
    do COMMAND $p | grep "\bphylum\b" >> results.txt
done

为了在我的文件 result.txt 中包含所有行，例如：

phylum  555280  Discosea

但是，有时 grep 没有结果（没有以 phylum 开头的行），它不会在 results.txt 中添加任何行。例如，我想为这些特定情况添加一些带有“0”或“未分配”的行（因此 input.txt 的每一行都与 results.txt 匹配）。

clade   2696291 Ochrophyta
class   5747    Eustigmatophyceae
order   425074  Eustigmatales
family  425072  Monodopsidaceae

我已尝试添加 | awk print '{print $0"non_assigned"}' ，不成功。

你有什么想法可以帮助我吗？一位成员建议我使用 awk '/phylum/{print $0}!/phylum/{print "non_assigned";exit} 但即使存在 phylum 结果，我也会得到输出“non_assigned”。

【问题讨论】：

awk '/phylum/{print $0}!/phylum/{print "non_assigned"}'
不幸的是，当我使用你的命令时，我仍然没有任何输出
你需要删除grep并且只使用awk
我不知道为什么它被关闭了，但这会起作用：for p in $(<input.txt); do (COMMAND $p | grep -w "phylum") || echo "non_assigned"; done >> results.txt 请注意，重定向已移至 done; 之后。现在使用> 而不是>> 可能会更好。
非常感谢@JonathanLeffler，它运行良好！

标签： linux bash grep

【解决方案1】：

这样就可以了：

for p in $(<input.txt)
do
    (COMMAND $p | grep -w "phylum") || echo "non_assigned"
done >> results.txt

这会在子shell 中运行命令和grep。如果grep 找到'phylum'，则|| 的RHS 不会运行；如果没有找到 'phylum'，则执行 echo 以输出合适的标记。

注意重定向已经移到done之后；现在使用> 可能比>> 更好。

当心set 选项-o pipefail — 如果命令失败，您可能需要使用set +o pipefail。但是，默认情况下它是禁用的，所以你可能会没事的。

【讨论】：