【问题标题】:MNE how to save full raw EEG signal with events as a matlab file?MNE 如何将带有事件的完整原始 EEG 信号保存为 matlab 文件?
【发布时间】:2018-03-08 12:15:40
【问题描述】:
raw, timestamp = ur.MNE_Read_EDF(path)
mne_events, events_dict = ev.MNE_prepare_events(path, timestamp)
epochs = mne.Epochs(raw, mne_events, events_dict, tmin=-0.5, tmax=0.5)
signal = epochs.plot(block=True)

这看起来很简单,但我迷路了。我在 edf 文件中有原始 eeg 信号,在 csv 文件中有事件。我设法通过这些事件创建纪元,然后用标记的事件绘制原始信号,但是我需要将其传输到可在 matlab 中访问的文件中。我猜我不能将 scipy.io.savemat 用于情节?我不能简单地将这些文件加载​​到 matlab 中,因为它以某种方式使时期不同步,可能是由于平均采样频率。 MNE 不这样做,但必须在 matlab 中进行进一步分析。非常感谢您的帮助,我在 MNE 网站上找不到答案。

【问题讨论】:

    标签: python matlab data-analysis neuroscience mne-python


    【解决方案1】:

    要获取原始 epochs 数据,您可以调用 Epochs 类的 .get_data() 方法。这将为您提供一个 3D numpy 形状数组(n_epochs、n_channels、n_times)。

    要获取您的事件数据,您可以使用find_events 函数,该函数将返回events

    返回:

    事件:数组,形状 = (n_events, 3)

    找到的所有事件。第一列包含样本中的事件时间,第三列包含事件 ID。用于输出 =“开始”或“步骤”,第二列包含事件/步骤之前的刺激通道的值。对于 output = ‘offset’,则 第二列包含事件后刺激通道的值 偏移量。

    实际上,在您的示例中,您的事件数据可能已经在 mne_events 中。

    这些数据可以用你提到的scipy.io.savemat函数保存。

    【讨论】:

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