Allen Brain Observatory - get_stimulus_template 不适用于 static_gratings答案

【问题标题】：Allen Brain Observatory - get_stimulus_template doesn't work with static_gratingsAllen Brain Observatory - get_stimulus_template 不适用于 static_gratings
【发布时间】：2017-05-09 14:18:25
【问题描述】：

我正在使用 static_gratings 刺激分析来自实验的数据。 SDK 文档说 get_stimulus_template 函数可以将查询实验中使用的任何刺激作为参数。我在实验中调用了 list_stimuli() 以确认 static_gratings 是使用过的刺激。

当我运行 get_stimulus_template('static_gratings') 时，我得到这个回溯/错误：

  Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-46-be84d6ea7546>", line 1, in <module>
    sg_scenes = expData.get_stimulus_template('static_gratings')

  File "/Users/randallellis/anaconda/lib/python2.7/site-packages/allensdk/core/brain_observatory_nwb_data_set.py", line 373, in get_stimulus_template
    image_stack = f['stimulus']['templates'][stim_name]['data'].value

  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2846)

  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2804)

  File "/Users/randallellis/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/group.py", line 169, in __getitem__
    oid = h5o.open(self.id, self._e(name), lapl=self._lapl)

  File "h5py/_objects.pyx", line 54, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2846)

  File "h5py/_objects.pyx", line 55, in h5py._objects.with_phil.wrapper (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/_objects.c:2804)

  File "h5py/h5o.pyx", line 190, in h5py.h5o.open (/Users/ilan/minonda/conda-bld/h5py_1490025880382/work/h5py/h5o.c:3740)

KeyError: "Unable to open object (Object 'static_gratings_image_stack' doesn't exist)"

对此的任何帮助表示赞赏。

【问题讨论】：

标签： python allen-sdk

【解决方案1】：

这很奇怪。您能否提供用于创建expData 的其余代码？我可以检查一下 NWB 文件是否有问题。您也可以尝试删除 NWB 文件并重新下载，以防文件出现问题（例如，未完成下载）。

更新：忽略之前的回复——我看错了你的问题。

问题是我们目前不提供静态光栅和漂移光栅刺激的模板。当我们呈现刺激时，这些刺激是由精神病程序生成的。见：

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/issues/24

我们目前正在努力将这些方法整合到 AllenSDK 中，以便人们可以自行生成它们。自然电影、自然场景和局部稀疏噪声模板都可以在 NWB 文件中找到。

【讨论】：