有没有办法使用 bookdown 添加章节书目？

Question

我正在尝试用 bookdown 写我的博士论文，并且主要使用 pdf 输出。我很容易在文档的末尾添加了一个参考书目，但我宁愿在每章的末尾都有一个参考书目。我尝试使用允许这样做的 LaTeX 包调整 .tex 输出，但这与 bookdoown 的默认设置相冲突。有没有办法调整 .yaml 选项来启用它？

Answer 1

对于 HTML 输出，默认是使用每章的参考书目。对于 PDF 输出，我发现最好将 LaTeX 包 biblatex 与 biber 一起使用。由于 RStudio 不了解 biber，因此最好安装类似 latexmk 的工具，并通过 Sys.setenv(RSTUDIO_PDFLATEX = "latexmk") 配置 RStudio 以使用该工具。这些程序可能必须单独安装，例如在 Debian/Ubuntu/...

sudo apt-get install texlive-bibtex-extra biber latexmk

对于配置biblatex，https://tex.stackexchange.com/questions/199336/biblatex-reference-both-by-chapter-and-at-the-end-of-the-book 提供的解决方案是合适的。

最后在_output.yml中需要以下设置：

bookdown::pdf_book:
  citation_package: biblatex

在Index.Rmd:

biblio-style: authoryear
biblatexoptions: [refsegment=chapter]

在每一章的结尾：

\printbibliography[segment=\therefsegment,heading=subbibliography]

没有必要转义这个原始的 LaTeX 命令，因为pandoc 会忽略其他输出格式的此类命令。

您可以在

看到整个解决方案

• https://github.com/rstub/bookdown-chapterbib
• https://rstub.github.io/bookdown-chapterbib/
• https://rstub.github.io/bookdown-chapterbib/bookdown-chapterbib.pdf

原方案

我设法通过以下步骤获得了带有 PDF 输出的章节书目：

• 从https://github.com/rstudio/bookdown-demo 的副本开始
• 将<R-library-path>/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex 复制为book.tex 到工作目录
• 更新 book.tex 以使用 LaTeX 包 bibunits（差异如下）
• 更新 _output.yml 以将 book.tex 称为 template（差异如下）
• 在index.Rmd 中设置 YAML 选项（差异如下）
• 将代码添加到一些Rmd 文件以编写\putbib 命令（差异如下）

在这些更改之后，可以生成一个 PDF 文件，但缺少所有引用，因为 bookdown 不知道生成的 bu?.aux 文件。执行bibtex bu1 和bibtex bu2 后，通过bookdown 复制PDF 文件会生成带有章节书目的PDF。最好使用 Makefile 自动执行此步骤。

这里是模板之间的差异：

$ diff -u /usr/local/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex  book.tex
--- /usr/local/lib/R/site-library/rmarkdown/rmd/latex/default-1.17.0.2.tex  2017-12-11 19:14:54.643867696 +0100
+++ book.tex    2018-01-16 11:43:46.182542634 +0100
@@ -93,8 +93,11 @@
 \fi
 $endif$
 $if(natbib)$
-\usepackage{natbib}
+\usepackage[$natbiboptions$]{natbib}
 \bibliographystyle{$if(biblio-style)$$biblio-style$$else$plainnat$endif$}
+\usepackage{bibunits}
+\defaultbibliographystyle{$if(biblio-style)$$biblio-style$$else$plainnat$endif$}
+\defaultbibliography{$for(bibliography)$$bibliography$$sep$,$endfor$}
 $endif$
 $if(biblatex)$
 \usepackage$if(biblio-style)$[style=$biblio-style$]$endif${biblatex}
@@ -235,6 +238,7 @@
 $endfor$

 \begin{document}
+\bibliographyunit[\chapter]
 $if(title)$
 \maketitle
 $endif$

还有来自bookdown-sample的文件的差异：

$ git diff
diff --git a/01-intro.Rmd b/01-intro.Rmd
index 6b16e73..1a5f9de 100644
--- a/01-intro.Rmd
+++ b/01-intro.Rmd
@@ -19,3 +19,5 @@ knitr::kable(
 ```

 You can write citations, too. For example, we are using the **bookdown** package [@R-bookdown] in this sample book, which was built on top of R Markdown and **knitr** [@xie2015].
+
+`r if (knitr:::is_latex_output()) '\\putbib'`
diff --git a/02-literature.Rmd b/02-literature.Rmd
index 00745d0..983696e 100644
--- a/02-literature.Rmd
+++ b/02-literature.Rmd
@@ -1,3 +1,6 @@
 # Literature

 Here is a review of existing methods.
+[@R-knitr]
+
+`r if (knitr:::is_latex_output()) '\\putbib'`
diff --git a/_output.yml b/_output.yml
index 342a1d6..cc8afb1 100644
--- a/_output.yml
+++ b/_output.yml
@@ -14,4 +14,5 @@ bookdown::pdf_book:
   latex_engine: xelatex
   citation_package: natbib
   keep_tex: yes
+  template: book.tex
 bookdown::epub_book: default
diff --git a/index.Rmd b/index.Rmd
index 4e21b9d..2fdb813 100644
--- a/index.Rmd
+++ b/index.Rmd
@@ -7,6 +7,8 @@ output: bookdown::gitbook
 documentclass: book
 bibliography: [book.bib, packages.bib]
 biblio-style: apalike
+natbiboptions: sectionbib
+graphics: yes
 link-citations: yes
 github-repo: rstudio/bookdown-demo
 description: "This is a minimal example of using the bookdown package to write a book. The output format for this example is bookdown::gitbook."

Answer 2

有关特定于乳胶的解决方案，请参阅this post，即为natbib 使用sectionbib 选项并加载chapterbib 包。您将需要编辑 bookdown 模板以设置 natbib 所需的选项，并告诉 bookdown 在 yaml 中使用您的自定义模板。有关预订模板的更多信息，请参阅this post。

我发誓我在 bookdown 文档中看到了使用 gitbook 格式执行此操作的说明，但我似乎找不到它...

编辑我去看了我的一个旧书本项目。对于gitbook 输出，您在_output.yml 中指定以下内容：

bookdown::gitbook:
  split_by: chapter
  split_bib: yes

这将（您猜对了）按章节拆分参考书目。实际上，我有点惊讶 bookdown 不支持 bookdown::pdf_book yaml 选项的等效选项，但通过在 LaTeX preamble 中设置 sectionbib/chapterbib 应该很容易做到。