libmpi_mpifh.so.12：未定义符号：mpi_conversion_fn_null_答案

【问题标题】：libmpi_mpifh.so.12: undefined symbol: mpi_conversion_fn_null_libmpi_mpifh.so.12：未定义符号：mpi_conversion_fn_null_
【发布时间】：2019-10-25 17:41:11
【问题描述】：

我正在尝试使用以下命令运行一个新的求解器

ccx_preCICE -i Solid/flap -precice-participant Calculix

但是每次我收到此错误消息时，有什么想法吗？

符号查找错误：/usr/lib/libmpi_mpifh.so.12：未定义符号：mpi_conversion_fn_null_

ldd /usr/lib/libmpi_mpifh.so.12 的输出：

linux-vdso.so.1 =>  (0x00007fffef22b000)
libmpi.so.12 => /opt/OpenFOAM/OpenFOAM/ThirdParty-v1712/platforms/linux64Gcc63/openmpi-1.10.4/lib64/libmpi.so.12 (0x00007fe376a60000)
libopen-pal.so.13 => /opt/OpenFOAM/OpenFOAM/ThirdParty-v1712/platforms/linux64Gcc63/openmpi-1.10.4/lib64/libopen-pal.so.13 (0x00007fe376780000)
libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007fe376550000)
libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007fe376170000)
libopen-rte.so.12 => /opt/OpenFOAM/ThirdParty-v1706/platforms/linux64Gcc63/openmpi-1.10.4/lib64/libopen-rte.so.12 (0x00007fe375ef0000)
libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007fe375cd0000)
librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007fe375ac0000)
libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007fe3757b0000)
libutil.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libutil.so.1 (0x00007fe375590000)
/lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007fe377000000)

【问题讨论】：

您遇到了图书馆问题。可能是不正确的版本，除非你自己编译？您可以使用objdump -tT /usr/lib/libmpi_mpifh.so.12查看库中的所有符号。
你也可以ldd /usr/lib/libmpi_mpifh.so.12，它应该解析为/usr/lib/libmpi.so.12，否则你的$LD_LIBRARY_PATH可能有问题
@GillesGouaillardet 感谢您的评论；通过运行 (ldd /usr/lib/libmpi_mpifh.so.12) 我得到了以下结果：
@Jason >> 感谢您的帮助；但是，我有一个很长的清单，我不知道这是否可以帮助我定义问题。打印输出统计信息：/usr/lib/libmpi_mpifh.so.12：文件格式 elf64-x86-64 符号表：无符号动态符号表：
嘿，您的答案应该是对问题的编辑，因为它不是答案 =D。无论如何，我要试一试，说引用应该在 libmpi 中。如果您运行objdump -Tt /opt/OpenFOAM/OpenFOAM/ThirdParty-v1712/platforms/linux64Gcc63/openmpi-1.10.4/lib64/libmpi.so.12 | grep mpi_conversion_fn_null_，您将不会返回任何内容（猜测）。如果是这种情况，您可能只是没有兼容版本的 libmpi.so

标签： mpi openmpi lib

【解决方案1】：

所以为了科学起见，我实际上在 Arch Linux 中通过 pacman 安装了标准包。我能够找到对您来说未定义的符号 mpi_conversion_fn_null_。该符号实现实际上在libmpi.so.x 中。我的 libmpi.so 安装到 /usr/lib/openmpi，所以我可以通过以下方式检查这个符号：

objdump -tT /usr/lib/openmpi/libmpi.so | grep -w mpi_conversion_fn_null_

000000000009fc80  w   DF .text  000000000000000c  Base        mpi_conversion_fn_null_

我安装的 openmpi 版本是 4.0.2，这导致我的 libmpi.so 指向 libmpi.so.40。我认为我们可以放心地假设您的 libmpi.so.12 是 1.2 版，这已经落后了很多。

如果您有选择，请安装更新版本的 openmpi。如有需要，您也可以build it from source。

【讨论】：