【发布时间】：2014-06-03 05:37:35
【问题描述】：
我已经安装了 bioperl，但不知道从哪里得到它以及在哪里运行 bioperl 程序。然后我测试了它，它是成功的 我已经为多个 seq 运行了一个程序。对齐。
产生错误
在@INC 中找不到 Bio/Tools/Run/Alignment/Clustalw.pm（@INC 包含：/etc/perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 /usr/local/share/perl /5.14.2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 /usr/local/lib/site_perl .) 在 msa.pl 第 3 行。 BEGIN 失败——编译在 msa.pl 第 3 行中止。
【问题讨论】：
-
我建议您提供更多有关您如何安装它以及您使用的操作系统的详细信息。
-
是的 .. 我已经安装了完整的 CPAN bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl_on_Ubuntu_Server 并且正在使用 Ubuntu 12.04LS，它默认包含 perl 5.14.2
-
Bio::Tools::Run::Alignment::Clustalw 不是 BioPerl 的一部分，这就是它无法定位的原因。该模块是 BioPerl-Run 软件包的一部分，因此您需要安装它。
标签： algorithm perl bioinformatics bioperl clustal