Python：运行 os.system 以匹配文件

Question

我想在我的子目录中有匹配的文件时运行一个特定的命令。每个文件的命名如下： sub-01_T1w, sub-02_T1w ... 。我尝试运行的命令如下所示：“bet -F -m”。

编辑 我的问题：每次我运行脚本时，都不会替换任何通配符。文件路径是正确的，但是 os 命令每次都是 sub-[0-9][0-9] 而不是：sub-01, sub-02, ... .

我的第一次尝试是这样的：

import glob
import os

path = '/home/nico/Seminar/demo_fmri/'
subdirs = glob.glob('%s/sub-[0-9][0-9]'%(path))

for dir in subdirs:
   print dir  
   glob.glob(os.system("bet %s/anat/sub-[0-9][0-9]_T1w %s/anat/sub-[0-9][0-9]_T1w_brain -F -m"%(dir,dir)))

Answer 1

您可能误解了glob.glob 的工作原理。它根据您作为参数提供的模式计算文件路径列表。

您不应该将os.system 的结果传递给glob.glob，这可能不是您想要做的。

尝试通过以下方式解决您的问题：

import glob
import os
import subprocess

path = '/home/nico/Seminar/demo_fmri/'
subdirs = glob.glob(os.path.join(path, 'sub-[0-9][0-9]'))

for dir in subdirs:
    print dir
    for file in glob.glob(os.path.join(dir, 'anat/sub-[0-9][0-9]_T1w')):
        subprocess.call(['bet', file, file+'_brain', '-f', '-m'])

奖励：%s 在需要时被删除以支持os.path.join。另外，我在最后一行使用了str.format，因为我觉得它更清楚。风格问题，随心所欲

编辑：将os.system 替换为subproces.call，为suggested by STD