使用 awk 打印自定义行

Question

我有一个这样的文件：

>ref
AAAAAAA
>seq1
BBBBBBB
>seq2
CCCCCCC
>seq3
DDDDDD

我想得到：

>ref
AAAAAAA
>seq1
BBBBBBB
>ref
AAAAAAA
>seq2
CCCCCCC
>ref
AAAAAAA
>seq3
DDDDDD

我正在考虑在 bash 中使用这个命令：

ref=$(head -n 2 file)
awk '/>/{print "'"$ref"'"}1' file

这是我得到的：

awk: non-terminated string >ref... at source line 2
 context is
    />/{print ">ref >>> 
 <<< 

知道发生了什么吗？ :) 非常感谢！

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编辑：我想将此管道用于所有以不同 ref 开头的文件：ref1 用于 file1，ref2 用于 file2，...因此考虑使用 head将每个ref 存储在一个变量中以将其用于每个文件:)

Answer 1

问题

问题是当ref有值时

>ref
AAAAAA

你的 awk 调用

awk '/>/{print "'"$ref"'"}1' file

结果

awk '/>/{print ">ref
AAAAAA"}1' file

shell 扩展后。 awk 不允许字符串文字中的换行符，所以这会爆炸。如果文件的前两行是

>ref"
print "AAAAA

它会起作用（除了顶部会有绒毛），但这并不能帮助我们找到一个理智的解决方案。

awk 中的解决方案

使用 awk 解决此问题的一种方法是在 awk 本身中组装 ref：

awk 'NR <= 2 { ref = ref $0 ORS; next } />/ { $0 = ref $0 } 1' filename

那是

NR <= 2 {                # First two lines:
  ref = ref $0 ORS       # build ref string (ORS is "\n" by default)
  next                   # and stop there
}
/>/ {                    # after that: For lines that contain a >
  $0 = ref $0            # prepend ref
}
1                        # then print

sed 中的解决方案

其实我更喜欢sed这个：

sed '1h; 2H; 1,2d; />/{ x; p; x; }' filename

即：

1h                # first line: save to hold buffer
2H                # second line: append to hold buffer
1,2d              # first two lines: stop here
/>/ {             # after that: If line contains >
  x               # swap hold buffer, pattern space
  p               # print what used to be in the hold buffer (the first
                  # two lines that we saved above)
  x               # swap back
}
                  # when we drop off the end, the original line will be
                  # printed.