使用循环将目录中的 .txt 文件转换为 .CSV 文件答案

【问题标题】：Convert .txt files into .CSV files in a directory using a loop使用循环将目录中的 .txt 文件转换为 .CSV 文件
【发布时间】：2020-01-28 15:27:10
【问题描述】：

这里是新鲜的生菜，所以不要笑我的问题：

假设我有一个包含 40 个单独的 .txt 文件的文件夹，我想将它们转换为 .csv 格式。拥有最终产品：一个包含 40 个单独 .csv 文件的新文件夹。

我已经看到发布了类似的问题及其代码，但是代码确实运行了，但 .csv 文件与原始 .txt 文件完全不同：所有数据都被打乱了。

因为我想保留标题，并且我想读取 .txt 文件中的所有数据/行。我对代码进行了一些外观上的更改，但仍然没有运行并返回警告“文件错误（文件，“rt”）：无法打开连接另外：警告信息：在文件（文件，“rt”）中：无法在训练患者 ctrl_S1018263__3S_TNFaCHx_333nM+0-1ugml_none.txt 中打开文件“C:/Users/mli/Desktop/All TNFa controls”：无效参数”

我的代码如下：

directory <- "C:/Users/mli/Desktop/All TNFa controls in the training patients"
ndirectory <- "C:/Users/mli/Desktop/All TNFa controls in the training patients/CSV"
file_name <- list.files(directory, pattern = ".txt")
files.to.read <- paste(directory, file_name, sep="\t") 
files.to.write <- paste(ndirectory, paste0(sub(".txt","", file_name),".csv"), sep=",")
for (i in 1:length(files.to.read)) {
  temp <- (read.csv(files.to.read[i], sep="\t", header = T))
  write.csv(temp, file = files.to.write[i])
}

【问题讨论】：

尝试在directory 和ndirectoy 的末尾添加“/”。从错误来看，这里似乎缺少“/”：'C:/Users/mli/Desktop/All TNFa controls in the training patients ****missing slash ***** ctrl_S1018263__3S_TNFaCHx_333nM+0-1ugml_none.txt'：无效的论点。类似directory <- "C:/Users/mli/Desktop/All TNFa controls in the training patients/"
错误在您使用的粘贴中。在第 4 行和第 5 行设置 sep='/' 而不是 '\t' 或 ','。粘贴是对路径名的修改。
为了避免不必要的麻烦，不要在文件夹名或文件名中使用空格或特殊字符。如果必须使用下划线“_”（不是破折号“-”或点“.”）
对不起，我试过了。该代码仍然无法运行，并且报告了相同的错误消息。而且我认为 / 是否有错误消息警告。不知何故，我的复制粘贴错过了它。
@ML33M: 也可以看看vroom 包的速度和多功能性stackoverflow.com/questions/3397885/…

标签： r csv preprocessor file-format

【解决方案1】：

当您在第 4 行和第 5 行粘贴带有文件名的路径时，使用 / 以获取字符串中的新路径。 sep 值是函数将多个字符串粘贴在一起时所放置的值。

> paste('hello','world',sep=" ")
[1] "hello world"

> paste('hello','world',sep="_")
[1] "hello_world"

这与您在 read.csv 中需要的 sep 值不同，它定义了 csv 文件的每一列之间的字符。

【讨论】：