打印 MultipleSeqAlignment 对象答案

【问题标题】：Printing a MultipleSeqAlignment Object打印 MultipleSeqAlignment 对象
【发布时间】：2023-03-06 02:44:02
【问题描述】：

我有一个由clustalx 生成的 3 个序列的比对

AAAACGT Alpha
AAA-CGT Beta
AAAAGGT Gamma

我可以通过 align[:,:4] 使用 Biopython 中的预定义索引对对齐进行切片

但是，打印结果会给出：

AAAA Alpha
AAA- Beta
AAAA Gamma

如何在不打印下面给出的名称的情况下捕获子对齐？

AAAA
AAA-
AAAA

align[:,:4].seq 没有提供我正在寻找的输出。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我需要先问一个后续问题 - align[:,:4] 的确切类型是什么？

不管怎样，它似乎是某种数组，所以你不能简单地做.seq。如果seq 确实是单个条目的属性，您可以做的是使用map 函数提取它们：

map(lambda el: el.seq, align[:, :4])

【讨论】：

【解决方案2】：

您可能可以这样做：

for x in align[:, :4]:
    print x.seq

或者在 print 语句所在的地方做任何你想做的事情。

【讨论】：