从列表列表中制作字典

Question

我一直无法弄清楚这一点，我认为问题可能出在我制作列表的方式上。任何人都可以帮忙吗？谢谢！

我想要的结果是

codondict = {'A': ['GCT','GCC','GCA','GCG'], 'C': ['TGT','TGC'], &c

但我得到的是：

{'A': 'A', 'C': 'C', &c.

这是我的终端：

A=['GCT','GCC','GCA','GCG']

C=['TGT','TGC']

D=['GAT','GAC']

E=['GAA','GAG']

F=['TTT','TTC']

G=['GGT','GGC','GGA','GGG']

H=['CAT','CAC']

I=['ATT','ATC','ATA']

K=['AAA','AAG']

L=['TTA','TTG','CTT','CTC','CTA','CTG']

M=['ATG']

N=['AAT','AAC']

P=['CCT','CCC','CCA','CCG']

Q=['CAA','CAG']

R=['CGT','CGC','CGA','CGG','AGA','AGG']

S=['TCT','TCC','TCA','TCG','AGT','AGC']

T=['ACT','ACC','ACA','ACG']

V=['GTT','GTC','GTA','GTG']

W=['TGG']

Y=['TAT','TAC']

氨基酸=['A','C','D','E','F','G','H','I','K','L','M', 'N','P','Q','R','S','T','V','W','Y']

从集合导入默认字典

codondict=defaultdict(列表)

对于氨基酸中的 i：

... for j in i:(ALSO TRIED for j in list(i))

... ... codondict[i]=j ...

密码学

defaultdict(, {'A': 'A', 'C': 'C', 'E': 'E', 'D': 'D', 'G': 'G', 'F' ：'F'，'I'：'I'，'H'：'H'，'K'：'K'，'M'：'M'，'L'：'L'，'N'：' N'，'Q'：'Q'，'P'：'P'，'S'：'S'，'R'：'R'，'T'：'T'，'W'：'W' , 'V': 'V', 'Y': 'Y'})

Answer 1

你可以试试这个：

condondict= dict(A=['GCT','GCC','GCA','GCG'],
C=['TGT','TGC'],
D=['GAT','GAC'],
E=['GAA','GAG'],
F=['TTT','TTC'],
G=['GGT','GGC','GGA','GGG'],
H=['CAT','CAC'],
I=['ATT','ATC','ATA'],
K=['AAA','AAG'],
L=['TTA','TTG','CTT','CTC','CTA','CTG'],
M=['ATG'],
N=['AAT','AAC'],
P=['CCT','CCC','CCA','CCG'],
Q=['CAA','CAG'],
R=['CGT','CGC','CGA','CGG','AGA','AGG'],
S=['TCT','TCC','TCA','TCG','AGT','AGC'],
T=['ACT','ACC','ACA','ACG'],
V=['GTT','GTC','GTA','GTG'],
W=['TGG'],
Y=['TAT','TAC'])

使用defaultdict() 的原因是允许访问/创建字典值而不会导致 KeyError，或者使用以下形式绕过：

if key not in mydict.keys():
    mydict[key] = []
mydict[key].append(something)

如果您不动态创建新密钥，则实际上不需要使用defaultdict()。

此外，如果您的键已经代表 氨基酸，您只需遍历键本身即可。

for aminoacid, sequence in condondict.iteritems():
    # do stuff with with data...

Answer 2

另一种方法是使用locals() 函数，该函数返回一个字典，其中包含本地范围的整个变量集，变量名作为键，其内容作为值。

for i in aminoacids:
    codondict[i] = locals()[i]

因此，您可以获得A 列表，例如，使用：locals()['A']。

Answer 3

这有点冗长，并且混淆了变量的名称'A' 和它的值A。坚持你所拥有的：

aminoacids = { 'A': A, 'C': C, 'D': D ... }

应该给你你要的字典：

{ 'A' : ['GCT', 'GCC', 'GCA', 'GCG'], 'C' : ['TGT', 'TGC'], ... }

其中'A' 和'C' 键的顺序可能不是您返回的，因为字典没有排序。

Answer 4

您也可以使用内置的 globals() 和 dict 理解：

codondict = {k:globals()[k] for k in aminoacids}

最好依赖 locals() 而不是 globals()，就像 stummjr 的解决方案，但是你不能直接用 dict 理解这样做

codondict = dict([(k,locals()[k]) for k in aminoacids])

但是你可以这样做：

loc = locals()
codondict = {k:loc[k] for k in aminoacids}

如果你动态地改变你的氨基酸列表或氨基酸分配，最好使用更懒的东西，比如：

codondict = lambda: {k:globals()[k] for k in aminoacids}

最后你可以使用更新的字典，但它现在是可调用的，所以使用 codondict()[x] 而不是 codondict[x] 来获取实际的字典。这样，您可以像 hist = codondict() 一样存储整个字典，以防您需要比较 codondict 的不同历史版本。这足够小，可以在交互模式下使用，但不建议在更大的代码中使用。