如何根据另一个变量的定量值选择最佳排名答案

【问题标题】：How to select the best rank according to quantitative values of another variable如何根据另一个变量的定量值选择最佳排名
【发布时间】：2016-07-18 22:31:38
【问题描述】：

我创建了一个如下所示的数据框：

# Dataframe
GeneID              TrID                PSI  Length Ranking  
ENSMUSG00000089809  ENSMUST00000146396  0.20 431801  3     
ENSMUSG00000089809  ENSMUST00000161516  0.23 354036  2  
ENSMUSG00000089809  ENSMUST00000161148  0.57   5601  1  
ENSMUSG00000044681  ENSMUST00000117098  0.05   4400  2  
ENSMUSG00000044681  ENSMUST00000141196  0.10   1118  1  
ENSMUSG00000044681  ENSMUST00000141601  0.75  44973  5

现在我想为每个GeneId 选择具有较高PSI 值的TrID 和相应的Ranking。最后的输出是这样的：

# Desired Output Dataframe
GeneID             TrID               PSI Length Ranking     
ENSMUSG00000089809 ENSMUST00000161148 0.57  5601 1      
ENSMUSG00000044681 ENSMUST00000141601 0.75 44973 5

之后，我将创建ranking 值的分布，并检查排名对应的PSI 值。我将对Length 值和TrID 值进行置换，以便控制分布。

【问题讨论】：

嗨，我应该删除问题还是在stackoverflow中传递它？抱歉，我没有在这里找到这个特定的问题/问题交叉验证..

标签： r ranking permutation dataframe

【解决方案1】：

您可以使用 base R 并执行以下操作：

byGeneId = split(1:nrow(Dataframe), Dataframe$GeneId)
whichTopPsi = sapply(byGeneId, function(i) i[which.max(Dataframe[i,'PSI'])])
Dataframe[whichTopPsi,]

您也可以使用更通用的ddply。

require(plyr)
ddply(Dataframe, "GeneId", function(d) d[which.max(d[,'PSI']),,drop=FALSE])

【讨论】：