MPI：将每个实例固定到每个节点上的某些核心

Question

我想用 OpenMPI 2.11 执行我的程序的几个实例。每个实例都在我的集群上自己的节点 (-N 1) 上运行。这工作正常。我现在想将每个程序实例固定到其节点的前 2 个内核。为此，看起来我需要使用排名文件。这是我的排名文件：

rank 0=+n0 slot=0-1 
rank 1=+n1 slot=0-1

在我看来，这应该将每个程序实例限制在它运行的本地机器的核心 0 和 1 上。 我像这样执行 mpirun：

mpirun -np 2 -N 1 -rf /my/rank/file my_program

但是 mpirun 甚至没有执行我的程序就失败并出现此错误：

Conflicting directives for mapping policy are causing the policy
to be redefined:

  New policy:   RANK_FILE
  Prior policy:  UNKNOWN

Please check that only one policy is defined.

这是什么？我在排名文件中犯了错误吗？

Answer 1

不使用排名文件，只需使用主机文件：

n0 slots=n max_slots=n
n1 slots=n max_slots=n

然后告诉 Open MPI 为每个节点映射一个进程，每个进程使用两个内核：

mpiexec --hostfile hostfile --map-by ppr:1:node:PE=2 --bind-to core ...

ppr:1:node:PE=2 读作：每个资源 1 个进程；资源类型为节点；每个进程 2 个处理元素。您可以通过添加--report-bindings 选项来检查实际绑定。