LSF - 获取已提交作业的 ID答案

【问题标题】：LSF - Get ID of submitted jobLSF - 获取已提交作业的 ID
【发布时间】：2012-08-23 14:33:11
【问题描述】：

假设我使用bsub pwd 之类的内容提交了一份工作。现在我想获取该工作的工作 ID，以便为下一个工作建立依赖关系。有什么方法可以让 bsub 返回作业 ID？

【问题讨论】：

标签： lsf

【解决方案1】：

仅供参考，这是迄今为止我能想到的最佳解决方案。它利用了 bsub 将包含 ID 的一行写入 STDOUT 的事实。

function nk_jobid {
    output=$($*)
    echo $output | head -n1 | cut -d'<' -f2 | cut -d'>' -f1
}

用法：

jobid=$(nk_jobid bsub pwd)

【讨论】：

@AndreyRubshtein 那是 bash。
我想知道如何在 $(nk_jonid bsub $VARIABLE) 中传递一个变量

【解决方案2】：

Nils 和 Andrey 分别在 shell 和 C/C++ 环境中找到了这个特定问题的答案。为了构建依赖关系，您还可以使用 -J 命名您的作业，然后根据作业名称构建依赖关系：

bsub -J "job1" <cmd1>
bsub -J "job2" <cmd2>
bsub -w "done(job1) && done(job2)" <cmd>

还有更多信息here。

这也适用于作业数组：

bsub -J "ArrayA[1-10]" <cmd1>
bsub -J "ArrayB[1-10]" <cmd2>
bsub -w "done(ArrayA[3]) && done(ArrayB[5])" <cmd>

您甚至可以进行逐个元素的依赖。以下作业的第 i 个元素仅在 ArrayB 中的相应元素达到 DONE 状态时运行：

bsub -w "done(ArrayB[*])" -J "ArrayC[1-10]" <cmd3>

您可以在-w here 中找到有关您可以指定的各种内容的更多信息。

【讨论】：

(+1) 幸好你注意到了这个问题的真正意图。
@jsmedmar 实际上，确实如此。我会在答案中添加一些细节。

【解决方案3】：

如果您使用 C++，您可以使用lsblib，LSF C API 来提交作业。输入和输出是结构。特别是，输出结构包含作业 ID。

#include <lsf/lsbatch.h>    
LS_LONG_INT lsb_submit (struct submit *jobSubReq, struct submitReply *jobSubReply)

【讨论】：

【解决方案4】：

$jobid = "0"
bsub pwd > $jobid
cat $jobid

【讨论】：

【解决方案5】：

如果你只是想查看提交后的JOBID，大多数时候我只会使用bhist 或bhist -l 来查看正在运行的作业和详细信息。

$ bhist
Summary of time in seconds spent in various states:
JOBID   USER    JOB_NAME  PEND    PSUSP   RUN     USUSP   SSUSP   UNKWN   TOTAL
8664    F14r3   sample       2       0    187954  0       0       0       187956

【讨论】：