我知道有办法使用localrules 声明需要在本地机器上执行的规则：
localrules: all, foo
是否有类似的选项来声明需要在集群上执行的规则？也许是clusterrules 选项？
我的管道中有一堆不需要在集群上执行的规则，虽然我可以使用localrules 将它们全部列出，但只需输入一两个需要执行的规则会更容易在集群上执行。
另一种选择是使用rule groups，它将在单个节点上执行来自组的所有规则，而不是使用集群中的多个节点。
【问题讨论】：
标签： snakemake
不幸的是，我不认为这是支持的。我检查了snakemake源代码，破解它的一种方法是这样做：
all_rules = [rule for rule in dir(rules) if not rule.startswith("__")]
cluster_rules = ["my_cluster_rule1", "my_cluster_rule2"]
workflow._localrules = set(rule for rule in all_rules if rule not in cluster_rules)
我还没有测试过，但我认为这应该可以。这样我们只需覆盖 Snakemake 从文档中解析的内容。这样做的问题是它可能在不同的蛇形版本之间不稳定。
【讨论】：
all_rules 在我运行 print(all_rules) 之类的东西时对我来说是空的。它在脚本中的位置是否重要？现在，就在第一条规则之前，我通常声明localrules。