访问 SLURM 集群节点的暂存文件夹

【问题标题】：to access the scratch folder of a SLURM cluster node访问 SLURM 集群节点的暂存文件夹
【发布时间】：2021-06-08 00:38:53
【问题描述】：

非常感谢您的建议和建议：

我正在使用 SLURM 集群，我的同事建议在集群上运行奇异容器，并将奇异容器的输出重定向到托管在每个计算节点的 /scratch 文件夹中的文件夹。

例如：

singularity exec --bind /local/scratch/bt:/output \
singularity_latest.sif run  \
-o /output

我想问一下：如何访问计算节点“scratch”中的“output”文件夹？非常感谢！

博格丹

【问题讨论】：

标签： slurm singularity-container scratch-file

【解决方案1】：

您可以将--bind 视为有点像符号链接。在宿主机操作系统上运行ls /local/scratch/bt相当于在exec进程中运行ls /output。

mkdir scratch
touch scratch/file1

ls -l scratch
# total 0
# -rw-rw-r-- 1 tsnowlan tsnowlan 0 Jun  8 09:13 file1

singularity exec -B $PWD/scratch:/output my_image.sif ls -l /output
# total 0
# -rw-rw-r-- 1 tsnowlan tsnowlan 0 Jun  8 09:13 file1

# singularity also accepts relative paths
singularity exec -B scratch:/output my_image.sif touch /output/file2

ls -l scratch
# total 0
# -rw-rw-r-- 1 tsnowlan tsnowlan 0 Jun  8 09:13 file1
# -rw-rw-r-- 1 tsnowlan tsnowlan 0 Jun  8 09:16 file2

【讨论】：