并行 gnu 命令与管道一起使用

Question

我对信息学比较陌生，并且刚刚发现了parallel 命令的优点。但是，我在将其与管道和输出结合使用时遇到了麻烦。

我正在使用这个命令：

parallel -j 2 echo ./hisat2 --dta -p 32 -x path/to/index -U {} | ./samtools view -b - > /path/to/storage/folder/{/.}.bam :::: fs1 > executable.sh

fs1 包含我要运行的所有文件的列表。 executable.sh 是可执行命令列表。我希望 fs1 中列出的每个文件都由一个程序（称为hisat2）单独处理，并使用 samtools 将输出 sam 文件转换为 bam 格式。但是，它似乎不喜欢管道 - 它抱怨以下内容：

bash: /path/to/storage/folder/{/.}.bam: No such file or directory
parallel: Warning: Input is read from the terminal. Only experts do this on purpose. Press CTRL-D to exit.

我该如何克服这个问题？解决这个问题的唯一方法是首先将所有文件处理为 sam，然后并行 bam 转换？

Answer 1

你需要引用管道和重定向：

parallel -j 2 "./hisat2 --dta -p 32 -x path/to/index -U {} | ./samtools view -b - > /path/to/storage/folder/{/.}.bam" :::: fs1

使用--dry-run 看看会运行什么：

parallel --dry-run -j 2 "./hisat2 --dta -p 32 -x path/to/index -U {} | ./samtools view -b - > /path/to/storage/folder/{/.}.bam" :::: fs1

（你确定samtools 在当前目录中吗？通常是为更广泛的受众安装的。）

我可以建议您花一个小时浏览man parallel_tutorial 吗？您的命令行会因此而爱上您。