使用多线程在 R 中运行 shell 脚本 [重复]

Question

我想使用命令 system() 在 R 中运行一个 shell 脚本（NCBI 中的 BLAST+），但即使我在 shell 脚本中设置了多个线程，它似乎也只使用一个线程。在这种情况下我应该怎么做才能使用多个线程？

代码是 system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")

如何在 R 中运行 16 个内核？谢谢！

Answer 1

并行：

library(parallel)
ncore = 4

syscall = system("blastp -query query.fasta -db db.fasta -num_threads 16 -outfmt \"6 qseqid sseqid pident ppos evalue bitscore qcovs\" -out out.tsv")
mclapply(1:ncore,syscall,mc.cores=ncore)