【发布时间】:2018-09-17 09:31:43
【问题描述】:
最近我开始使用foreach 和doParallel 包将我的代码切换到并行执行。由于不同的线程相互干扰,使用futile.logger 进行日志记录效果不佳。所以我开始使用ParallelLogger,即使在并行设置中也应该处理日志记录。
不幸的是,这个记录器有两个问题我自己无法解决,可能是我做错了什么,或者系统中存在错误。
- 第一个问题是,尽管我创建了一个控制台 Appender(请参阅下面的 MWE),但没有线程登录到控制台。
- 我的记录器生成的日志文件已损坏,导致
launchLogViewer抛出line 40 did not have 6 elements错误。
这是 MWE:
library(foreach)
library(doParallel)
library(ParallelLogger)
LOGGING_FILE_PATH <- "Parallel_MWE.log"
diff_time <- function(start_time) {
format(difftime(Sys.time(), start_time))
}
block_execution <- function(start_se, end_se) {
logInfo("Start Data Loading")
start_time_loading <- Sys.time()
Sys.sleep(2)
logInfo("Data Loading Done: ", diff_time(start_time_loading))
logInfo("Start Data Preprocessing")
start_time_computation <- Sys.time()
logInfo(paste("Start:", sprintf("%04d", start_se),
"End:", sprintf("%04d", end_se),
sep = " "
))
Sys.sleep(2)
logInfo("Computation Done: ", diff_time(start_time_computation))
logInfo("Start Data Postprocessing")
start_time_writing <- Sys.time()
Sys.sleep(2)
logInfo("Data Postprocessing Done: ", diff_time(start_time_writing))
logInfo("Overall time taken: ", diff_time(start_time_whole))
logInfo("Current allocated Memory: ", memory.size(), " MB\n")
}
registerLogger(createLogger(
name = "ParLogger",
threshold = "INFO",
appenders = list(
createConsoleAppender(
layout = layoutSimple
),
createFileAppender(
layout = layoutParallel,
fileName = LOGGING_FILE_PATH
)
)
))
logInfo("Start Programm")
start_time_whole <- Sys.time()
cluster <- makeCluster(detectCores())
registerDoParallel(cluster)
start <- 0100
end <- 9000
step <- 0100
foreach(i = seq(start, end, step), .packages = c("ParallelLogger")) %dopar% {
block_execution(i, (i + step))
}
stopCluster(cluster)
logInfo("Programm Done: ", format(difftime(Sys.time(), start_time_whole)))
clearLoggers()
这是生成的日志文件的一部分,显示了一种错误情况:
2018-09-17 10:47:57 [Thread 4] INFO doParallel fun Overall time taken: 39.00498 secs
2018-09-17 10:47:57 [Thread 4] INFO doParallel fun Current allocated Memory: 42.01 MB
cs
2018-09-17 10:47:57 [Thread 1] INFO doParallel fun Overall time taken: 39.07554 secs
2018-09-17 10:47:57 [Thread 4] INFO doParallel fun Start Data Loading
2018-09-17 10:47:57 [Thread 2] INFO doParallel fun Data Postprocessing Done: 2.063492 secs
2018-09-17 10:47:57 [Thread 1] INFO doParallel fun Current allocated Memory: 42.01 MB
2018-09-17 10:47:57 [Thread 1] INFO doParallel fun Start Data Loading
39.10681 secs
2018-09-17 10:47:57 [Thread 3] INFO doParallel fun Data Postprocessing Done: 2.049974 secs
2018-09-17 10:47:57 [Thread 2] INFO doParallel fun Current allocated Memory: 42.01 MB
2018-09-17 10:49:15 [Thread 3] INFO doParallel fun Start: 7500 End: 7600
g
2018-09-17 10:49:15 [Thread 4] INFO doParallel fun Start: 7600 End: 7700
如您所见,有些线条被错误地扭曲或切割成部分。如果我删除这些错误行 launchLogViewer 就可以了。
那么如何将具有多个线程的并行 R 脚本记录到一个文件中并记录到控制台上呢?或者如何让ParallelLogger 登录到文件和控制台而不破坏输出?
编辑:
在 Linux 系统下运行 MWE 会生成格式良好的日志文件。 所以这似乎是一个特定于 Windows 的问题。
【问题讨论】:
-
如果您在 Linux 或 macOS 上,您可以使用
rsyslog登录到 syslog,然后只监视 syslog 中的特定日志行。这是避免线程上下文中文件日志记录问题的好方法。 -
不幸的是,我绑定到 Windows,但还是谢谢你。
标签: r multithreading logging parallel-processing