R生存包；针对日志（时间）绘制日志（-log（生存））

Question

我正在尝试使用 R 生存包，生成 log(-log(survival)) 对 log(time) 的图

_{（有时建议将此作为目视检查加速寿命或成比例危险特性的方法）。}

plot.survfit 中的“fun=cloglog”选项没有产生我期望的结果。

使用“MASS”库中的“gehan”数据：

首先，这是治疗组和对照组的简单生存时间图：

 data(gehan, package="MASS")
 gehansurv=Surv(gehan$time, gehan$cens)
 plot(survfit(gehansurv ~ gehan$treat), col=c("black", "red"))

到目前为止还可以。现在，如果我使用fun=cloglog 选项，plot.survfit 的文档让我觉得我会得到log(-log(survival)) 与log(time) 的图：

有趣

定义生存曲线变换的任意函数。例如乐趣=日志 是绘制对数生存曲线的另一种方法（但轴标记为 log(S) 值），并且 fun=sqrt 将生成平方根刻度的曲线。四个常用的 可以使用字符参数指定转换：“log”与 使用 log=T 选项，"event" 绘制累积事件 (f(y) = 1-y)，"cumhaz" 绘制 累积风险函数 (f(y) = -log(y))，并且“cloglog”创建一个互补的 log-log 生存图（f(y) = log(-log(y)) 以及 x 轴的对数刻度）。

但是，当我尝试这个时，它似乎并没有使用log(-log(y))函数，因为显示的曲线仍在减少（因为原始生存曲线是减少的，而应用的f(y)=log(-log(y))函数是一个递减函数，结果log(-log(survival)) 曲线应该增加）。

此外，x 轴不是对数缩放的：

library(VGAM)
 plot(survfit(gehansurv ~ gehan$treat), col=c("black", "red"), fun=cloglog)

我可以通过定义我自己的log(-log()) 函数并使用log="x" 选项来获得我想要的：

> myfun=function(p){return(log(-log(p)))}
> plot(survfit(gehansurv ~ gehan$treat), col=c("black", "red"), fun=myfun, log="x")

那么：我在上面做错了什么（或者我如何误解了plot.survfit 文档）？

补充问题："fun=" 选项将如何更改水平轴上的缩放比例，因为文档声称 "fun=cloglog" 会，而从表面上看，"fun" 的参数是应用于垂直变量的函数?

Answer 1

在 plot.survfit 的 cloglog 周围加上引号。

library(survival)
library(MASS)
data(gehan)
gehansurv=Surv(gehan$time, gehan$cens)
plot(survfit(gehansurv ~ gehan$treat), col=c("black", "red"), fun="cloglog")