警告：“newdata”有 x 行，但发现的变量有 >x 行，带有 coxph 和 survfit答案

【问题标题】：Warning: 'newdata' has x rows but variables found have >x rows with coxph and survfit警告：“newdata”有 x 行，但发现的变量有 >x 行，带有 coxph 和 survfit
【发布时间】：2020-01-03 14:17:23
【问题描述】：

我已经查看了其他类似的问题，但我认为我没有找到答案。

我正在尝试使用两个协变量（性别和疾病状态）进行 Cox 回归。

原始数据框看起来有点像这样：

Patient ID: 1001, 1002
Age: 56, 60
Sex: Male, Female
Mortality event: 1 0
Follow up years: 6,7

我已致电cxmod <- coxph(Surv(Mortality event, time) ~ Disease_status + Sex, data = original data)

我已经按照此包的说明为协变量设置了一个dummy_df 作为网格：

Sex Male  Disease_status 0, 
Sex  Female Disease_status 0, 
Sex Male Disease status 1, 
Sex Female Disease status 1

我已将行名重命名为字母，因为我知道这是需要的。

但是当我打电话时：

cxsf <- survfit(cxmod, data= orginal_data_frame, newdata = dummy_df, conf.type = "none")

我收到以下错误消息：

Warning message:
'newdata' had 4 rows but variables found have 500000 rows

此外，如果我调用 surv_summary(cxsf) 来帮助可视化情节 - R 会话会因致命错误而终止。

任何人都可以就出了什么问题提出建议吗？

【问题讨论】：

欢迎来到SO，首先提供一些示例数据，然后用crtl+k格式化您的问题，也可以在stats.stackexchange.com提出这个问题

标签： r survival-analysis cox-regression survival

【解决方案1】：

您不需要向 survfit 提供原始数据集，因为模型已经使用它进行过训练，并且现在模型本身中存在参数 (cxmod)。

survfit(cxmod , newdata = dummy_df, conf.type = "none")

【讨论】：