【发布时间】：2014-01-27 02:11:51
【问题描述】：
我正在分析 ALDEx 2 (http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0067019#s3) 中的 RNA-Seq 数据。由于某种原因，最终结果表缺少它的 q 值。我的代码如下，前 4 行输出也是如此。关于正在（未）发生的事情有什么建议吗？
代码：
data<-read.table("M_ARxCH.txt",sep="\t", header=T,stringsAsFactors=T,row.names=1)
cond<-c("AR","AR","AR","CH","CH","CH")
ARxCH<-aldex(data,cond,mc.samples=256)
ARxCH_Sum<- summary.aldex(ARxCH)
输出：
rab.all.q50 rab.win.AR.q50 rab.win.CH.q50 diff.btw.q50 diff.win.q50 effect.q50 criteria.we.pval criteria.we.lfdr criteria.we.BH criteria.wi.pval criteria.wi.lfdr criteria.wi.BH
FBgn0012691 1 1 2 1 6 0 0.71 0.735 0.759 0.705 1 0.979
FBgn0012692 0 0 1 0 6 0 0.577 0.256 0.662 0.907 1 0.993
FBgn0020474 -6 -6 -6 1 2 0 0.451 0.345 0.701 0.554 1 0.905
根据手册，在criteria.we.pval和criteria.we.lfdr之间应该有一列标有criteria.we.qval
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