提取社区节点和其他节点之间的边答案

【问题标题】：Extract edges between community nodes and other nodes提取社区节点和其他节点之间的边
【发布时间】：2016-10-21 16:16:54
【问题描述】：

假设我们有一个简单的加权网络，我们在该网络上执行某种社区检测。接下来我们提取特定的社区，最后的任务是提取该社区的节点与所有其他节点之间的所有边。

下面我粘贴了玩具代码。

# Create toy graph
library(igraph)
set.seed(12345)
g <- make_graph("Zachary")
# Add weights to edges
E(g)$weight <- sample(x = 1:10, size = ecount(g), replace = TRUE)
# Run community detection
cl <- cluster_louvain(g)

社区#1有5个节点，#2社区有12个节点，以此类推

> table(membership(cl))
 1  2  3  4 
 5 12  2 15

现在我们提取社区#1：

g1 <- induced_subgraph(g, which(cl$membership == 1))

问题：如何找到将社区#1 中的节点与所有其他节点连接的边（不包括定义社区#1 的边）？

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

首先在您的社区中获取所有优势：

all_edges <- E(g)[inc(V(g)[membership(cl) == 1])]
all_edges
+ 10/78 edges:
 [1] 1-- 5 1-- 6 1-- 7 1--11 5-- 7 5--11 6-- 7 6--11 6--17 7--17

然后，过滤掉那些完全是内部的（两个顶点都在社区中）：

all_edges_m <- get.edges(g, all_edges) #matrix representation

all_edges[!(
 all_edges_m[, 1] %in% V(g)[membership(cl) == 1] & 
   all_edges_m[, 2] %in% V(g)[membership(cl) == 1]
 )] # filter where in col1 and col2
+ 4/78 edges:
[1] 1-- 5 1-- 6 1-- 7 1--11

【讨论】：