用 tidygraph 从孩子那里传播价值答案

【问题标题】：Propagate value from children with tidygraph用 tidygraph 从孩子那里传播价值
【发布时间】：2017-08-23 13:11:10
【问题描述】：

我有一棵在属级别注释的树（即每片叶子都有一个名称），只要孩子们具有相同的属，我想传播分支/边缘中叶子的颜色，就像在这个情节中一样：

我的树是here（抱歉，dput 不起作用……）他看起来像这样：

library(ggraph)
library(tidygraph)
load("tree_v3")

TBL %>% activate(nodes) %>% as_tibble
# A tibble: 50 x 2
    leaf      Genus
   <lgl>     <fctr>
 1 FALSE         NA
 2  TRUE Klebsiella
 3  TRUE Klebsiella
 4 FALSE         NA
 5  TRUE Klebsiella
 6  TRUE Klebsiella
 7 FALSE         NA
 8 FALSE         NA
 9  TRUE Klebsiella
10 FALSE         NA
# ... with 40 more rows

我可以使用此代码打印树，但如您所见，边缘颜色停留在叶子附近。

TBL %>%
  ggraph('dendrogram') + 
  theme_bw() +
  geom_edge_diagonal2(aes(color = node.Genus)) +
  scale_edge_color_discrete(guide = FALSE) +
  geom_node_point(aes(filter = leaf, color = Genus), size = 2)

blog post 的 映射搜索 部分中有一个代码，但它不适用于我的数据，我不明白为什么......

TBL2 <- TBL %>%
  activate(nodes) %>%
  mutate(Genus = map_bfs_back_chr(node_is_root(), .f = function(node, path, ...) {
    nodes <- .N()
    if (nodes$leaf[node]) return(nodes$Genus[node])
    if (anyNA(unlist(path$result))) return(NA_character_)
    path$result[[1]]
  }))

mutate_impl(.data, dots) 中的错误：评估错误：无法强制值到字符（1）。

在 Marco Sandri 回答后编辑

mutate(Genus = as.character(Genus)) 没有更多错误消息，但 Genus 无法正确传播。例如从右边开始看第三个和第四个节点：父节点应该是NA...（请注意，它在博客文章情节中也不起作用）。

【问题讨论】：

标签： r tidyverse dendrogram ggraph tidygraph

【解决方案1】：

TBL 中的Genus 是一个因素：

str(TBL %>% activate(nodes) %>% as_tibble)

# Classes ‘tbl_df’, ‘tbl’ and 'data.frame':       50 obs. of  2 variables:
# $ leaf : logi  FALSE TRUE TRUE FALSE TRUE TRUE ...
# $ Genus: Factor w/ 10 levels "","Citrobacter",..: NA 6 6 NA 6 6 NA NA 6 NA ...

但应该是一个字符。
将Genus 从因子转换为字符后，代码就可以工作了。

TBL2 <- TBL %>%
  activate(nodes) %>% 
  mutate(Genus = as.character(Genus)) %>%
    mutate(Species = map_bfs_back_chr(node_is_root(), .f = function(node, path, ...) {
        nodes <- .N()
        if (nodes$leaf[node]) return(nodes$Genus[node])
        if (anyNA(unlist(path$result))) return(NA_character_)
        path$result[[1]]
    }))

【讨论】：

感谢您的帮助。但是，正如我在编辑中所说的那样，代码不能很好地工作。
@MrSnake 这是一个不同的新问题。现在代码可以工作了，但它没有给你预期的结果。我建议您关闭（而不是删除）此帖子并打开一个新帖子，详细描述您的问题。