剪下树状图答案

【问题标题】：Cut a dendrogram剪下树状图
【发布时间】：2017-02-02 00:02:23
【问题描述】：

我有一个dendrogram：

set.seed(10)
mat <- matrix(rnorm(20*10),nrow=20,ncol=10)
dend <- as.dendrogram(hclust(dist(mat)))

并给出一个深度截止：

我想剪掉该截止点右侧的所有分支。

depth.cutoff <- 4.75

我想剪掉虚线右侧的所有分支：

plot(dend,horiz = TRUE)
abline(v=depth.cutoff,col="red",lty=2)

最后得到这个dendrogram：

我得到的最接近的是使用ape 的drop.tip，但问题是如果我的depth.cutoff 包含所有叶子，如本例所示，它返回NULL。

如果他们的depth 低于depth.cutoff，也许有人知道我是否以及如何从代表我的dendrogram 的nested list 中删除元素？

或者，也许我可以将dendrogram 转换为data.frame，其中还列出了每个node 的depth（包括具有depth=0 的叶子），删除所有带有@987654343 的行@<depth.cutoff 从那个data.frame，然后将它转换回dendrogram？

【问题讨论】：

标签： r list dendrogram ape

【解决方案1】：

cut 将在指定高度切割树。它将返回upper 和lower 部分的列表

cut(dend, h = depth.cutoff)$upper

# $upper
# 'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 5.887262 
# 
# $lower
# $lower[[1]]
# 'dendrogram' with 2 branches and 6 members total, at height 4.515119 
# 
# $lower[[2]]
# 'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 3.789259 
# 
# $lower[[3]]
# 'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.837733 
# 
# $lower[[4]]
# 'dendrogram' with 2 branches and 3 members total, at height 3.845031 
# 
# $lower[[5]]
# 'dendrogram' with 2 branches and 4 members total, at height 4.298743


plot(cut(dend, h = depth.cutoff)$upper, horiz = T)

【讨论】：

非常感谢@SymbolixAU。你知道是否有办法让所有分支都在同一行结束？不在情节中，而是在 dend 对象中？

【解决方案2】：

获取图片的一种可能更直接的方法是设置您想要绘制的限制。

plot(dend, horiz = TRUE, xlim=c(6,4.75))

【讨论】：

如果所有 OP 想要做的只是绘制特定部分，那肯定是一种更“方便”的方式。