如何添加默认脚本以在奇点容器内运行？

Question

我正在尝试基于预先构建的 anaconda2 映像构建一个奇点容器，例如：

singularity build --sandbox hmmhc.sif library://shahzebmsiddiqui/easybuild/anaconda2:5.2.0
singularity exec hmmhc.sif python --version
Python 2.7.15 :: Anaconda, Inc.

基于此，我使用singularity shell 安装了hmmhc 程序。我想知道如何在内部激活程序，例如在图像内部运行以下行：

source ~/anaconda2/etc/profile.d/conda.sh
conda activate hmmhc

这样我就可以执行它：

singularity exec hmmhc.sif hmmhc-predict --help

Answer 1

如果您使用Singularity definition file，则只能添加/编辑默认运行选项。我建议使用此选项以提高可重复性，但在这种情况下并非严格要求。

假设您按照 github 上的安装说明进行操作，您为该软件包创建了一个新的 conda 环境。问题是因为 conda 环境不是默认环境。相反，您可以将软件包安装到基本/默认 conda 环境中，然后singularity exec 可以使用它。

# in singularity shell
conda config --prepend channels bioconda
conda install ghmm=0.9 'icu=58.*'
pip install git+https://github.com/artyomovlab/hmmhc#egg=hmmhc

# check the image works as expected
singularity exec hmmhc.sif/ hmmhc-predict --help