spark-submit 错误：最大堆大小无效：-Xmx4g --jars，但系统上有足够的内存答案

【问题标题】：spark-submit error: Invalid maximum heap size: -Xmx4g --jars, but enough of memory on the systemspark-submit 错误：最大堆大小无效：-Xmx4g --jars，但系统上有足够的内存
【发布时间】：2020-02-11 00:42:06
【问题描述】：

我正在运行 Spark 作业：

spark-submit --master spark://ai-grisnodedev1:7077 --verbose --conf spark.driver.port=40065 --driver-memory 4g
--jars /opt/seqr/.conda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/hail/hail-all-spark.jar 
--conf spark.driver.extraClassPath=/opt/seqr/.conda/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/hail/hail-all-spark.jar 
--conf spark.executor.extraClassPath=./hail-all-spark.jar ./hail_scripts/v02/convert_vcf_to_hail.py ./hgmd_pro_2019.4_hg38.vcf -ht 
--genome-version 38 --output ./hgmd_pro_2019.4_hg38.ht

命令报错：

最大堆大小无效：-Xmx4g --jars 错误：无法创建 Java 虚拟机。错误：发生了致命异常。程序将退出。

我检查了内存：

所以，看起来还不错。我查了java：

(py37) -bash-4.2$ java -version
openjdk version "1.8.0_232"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_232-b09)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.232-b09, mixed mode)

然后我检查了Chrome spark 是否在ai-grisnodedev1:7077 上运行，并且它与一名工人一起运行。如果我使用ipython，我可以在https://hail.is/docs/0.2/getting_started.html 运行简单的install 示例：

import hail as hl
mt = hl.balding_nichols_model(n_populations=3, n_samples=50, n_variants=100)
mt.count()

所以，依赖于Spark 的Hail 也在工作。也许我的命令格式不正确或某些文件已损坏？但是该错误非常具有误导性。我可以做些什么来尝试调试这个问题？

【问题讨论】：

标签： java apache-spark hail

【解决方案1】：

刚刚发布了问题并立即修复了它，尽管非常绝望。问题是我在几个编辑器中复制粘贴命令并返回，--driver-memory 4g 之后可能存在一些错误字符。我刚刚删除了空格（可能不是空格）并重新插入它们，它就开始工作了。很难说为什么，也许tab 或newline 以某种方式搞砸了。我正在使用Microsoft One Note - 也许它正在对空格进行一些修改......

【讨论】：

【解决方案2】：

我也有这个问题。无论如何，我使用的是pySpark。对我来说，这是spark.executor.memory 接受的问题，例如16gb，而 spark.driver.memoryonly 接受 16g-> gb 中的 b 导致错误（有点不直观说实话）。

【讨论】：